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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pqo | ||||||
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タイトル | T4 Lysozyme Core Repacking Mutant L118I/TA | ||||||
要素 | Lysozyme | ||||||
キーワード | HYDROLASE / HYDROLASE (O-GLYCOSYL) / T4 LYSOZYME / DESIGNED CORE MUTANT / AUTOMATED PROTEIN DESIGN / PROTEIN ENGINEERING / PROTEIN FOLDING / PROTEIN STABILITY / CORE REPACKING / BACK REVERTANT / DEAD-END ELIMINATION THEOREM / SIDE-CHAIN PACKING / OPTIMIZED ROTAMER COMBINATIONS / ORBIT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Mooers, B.H. / Datta, D. / Baase, W.A. / Zollars, E.S. / Mayo, S.L. / Matthews, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Repacking the Core of T4 lysozyme by automated design 著者: Mooers, B.H. / Datta, D. / Baase, W.A. / Zollars, E.S. / Mayo, S.L. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pqo.cif.gz | 50.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pqo.ent.gz | 34.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pqo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/1pqo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/1pqo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1p2lC 1p2rC 1p36C 1p37C 1p3nC 1p46C 1p64C 1p6yC 1p7sC 1pqdC 1pqiC 1pqjC 1pqkC 1pqmC 1l63S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18628.363 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T/C97A/L118I / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: E / プラスミド: PHS1403 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RR1 / 参照: UniProt: P00720, lysozyme | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-K / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-HED / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.27 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 6.7 詳細: Potassium phosphate, sodium PHOSPHATE, NaCl, BME, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 6.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Eriksson, A.E., (1993) J.Mol.Biol., 229, 747. / PH range low: 7.1 / PH range high: 6.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年11月10日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→18.7 Å / Num. obs: 23077 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 24.296 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 7.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.72 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.3 / % possible all: 91.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.65 Å |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1L63 解像度: 1.65→18.7 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→18.7 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.201 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_angle_deg / Dev ideal: 2.3 |