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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pqi | ||||||
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タイトル | T4 LYSOZYME CORE REPACKING MUTANT I118L/CORE7/TA | ||||||
![]() | Lysozyme | ||||||
![]() | HYDROLASE / HYDROLASE (O-GLYCOSYL) / T4 LYSOZYME / DESIGNED CORE MUTANT / AUTOMATED PROTEIN DESIGN / PROTEIN ENGINEERING / PROTEIN FOLDING / PROTEIN STABILITY / CORE REPACKING / BACK REVERTANT / DEAD-END ELIMINATION THEOREM / SIDE-CHAIN PACKING / OPTIMIZED ROTAMER COMBINATIONS / ORBIT | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mooers, B.H. / Datta, D. / Baase, W.A. / Zollars, E.S. / Mayo, S.L. / Matthews, B.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Repacking the Core of T4 Lysozyme by Automated Design 著者: Mooers, B.H. / Datta, D. / Baase, W.A. / Zollars, E.S. / Mayo, S.L. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 35.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 448.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1p2lC ![]() 1p2rC ![]() 1p36C ![]() 1p37C ![]() 1p3nC ![]() 1p46C ![]() 1p64C ![]() 1p6yC ![]() 1p7sC ![]() 1pqdC ![]() 1pqjC ![]() 1pqkC ![]() 1pqmC ![]() 1pqoC ![]() 1l63S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18724.449 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T/I78V/V87M/C97A/L118I/M120Y/L133F/V149I/T152V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: E / プラスミド: PHS1403 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-K / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-BME / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.59 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 6.7 詳細: 2 M Na/K Phosphate, 550 mM NaCl, 40 mM BME, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 6.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Eriksson, A.E., (1993) J.Mol.Biol., 229, 747. / PH range low: 7.1 / PH range high: 6.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年10月11日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.57→22.82 Å / Num. obs: 29013 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 20.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 1.57→1.64 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.204 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.204 / % possible all: 90.7 |
反射 | *PLUS % possible obs: 91.1 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1L63 解像度: 1.57→22.83 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT / 詳細: WORKING AND TEST SET NOT COMBINED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: TNT / Bsol: 215.387 Å2 / ksol: 0.85 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.57→22.83 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.56 Å / Rfactor Rwork: 0.198 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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