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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pqd | ||||||
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タイトル | T4 LYSOZYME CORE REPACKING MUTANT CORE10/TA | ||||||
![]() | Lysozyme | ||||||
![]() | HYDROLASE / HYDROLASE (O-GLYCOSYL) / T4 LYSOZYME / DESIGNED CORE MUTANT / AUTOMATED PROTEIN DESIGN / PROTEIN ENGINEERING / PROTEIN FOLDING / PROTEIN STABILITY / CORE REPACKING / BACK REVERTANT / DEAD-END ELIMINATION THEOREM / SIDE-CHAIN PACKING / OPTIMIZED ROTAMER COMBINATIONS / ORBIT | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mooers, B.H. / Datta, D. / Baase, W.A. / Zollars, E.S. / Mayo, S.L. / Matthews, B.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Repacking the Core of T4 Lysozyme by Automated Design 著者: Mooers, B.H. / Datta, D. / Baase, W.A. / Zollars, E.S. / Mayo, S.L. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 36.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 430.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1p2lC ![]() 1p2rC ![]() 1p36C ![]() 1p37C ![]() 1p3nC ![]() 1p46C ![]() 1p64C ![]() 1p6yC ![]() 1p7sC ![]() 1pqiC ![]() 1pqjC ![]() 1pqkC ![]() 1pqmC ![]() 1pqoC ![]() 1l63S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18656.309 Da / 分子数: 1 変異: C54T/V87I/C97A/I100V/M102L/V103I/M106I/V111A/M120Y/L133F/V149I/T152V 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: E / プラスミド: PHS1403 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-K / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-BME / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.26 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: Potassium phosphate, sodium PHOSPHATE, NaCl, BME, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Eriksson, A.E., (1993) J.Mol.Biol., 229, 747. / PH range low: 7.1 / PH range high: 6.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年8月10日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Yale Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→16.3 Å / Num. all: 23982 / Num. obs: 23982 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 | *PLUS % possible obs: 96.9 % / Rmerge(I) obs: 0.076 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 85 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1L63 解像度: 1.65→16.3 Å 交差検証法: Fo-Fo maps with wild-type structure factors and phases σ(F): 0 立体化学のターゲット値: TNT stereochemistry values 詳細: Free R was not used in the refinement /
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: TNT / Bsol: 139.274 Å2 / ksol: 0.9486 e/Å3 | ||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→16.3 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.178 | ||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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