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- PDB-1pq2: Crystal Structure of Human Drug Metabolizing Cytochrome P450 2C8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pq2
タイトルCrystal Structure of Human Drug Metabolizing Cytochrome P450 2C8
要素Cytochrome P450 2C8
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME P450 / CYP2C8 / MEMBRANE PROTEIN / TAXOL 6-HYDROXYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


organic acid metabolic process / Synthesis of (16-20)-hydroxyeicosatetraenoic acids (HETE) / omega-hydroxylase P450 pathway / CYP2E1 reactions / arachidonic acid epoxygenase activity / icosanoid biosynthetic process / epoxygenase P450 pathway / retinoic acid 4-hydroxylase activity / caffeine oxidase activity / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity ...organic acid metabolic process / Synthesis of (16-20)-hydroxyeicosatetraenoic acids (HETE) / omega-hydroxylase P450 pathway / CYP2E1 reactions / arachidonic acid epoxygenase activity / icosanoid biosynthetic process / epoxygenase P450 pathway / retinoic acid 4-hydroxylase activity / caffeine oxidase activity / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / lipid hydroxylation / Biosynthesis of maresin-like SPMs / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) / oxidative demethylation / Xenobiotics / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / long-chain fatty acid biosynthetic process / estrogen metabolic process / retinol metabolic process / retinoic acid metabolic process / unspecific monooxygenase / aromatase activity / Aspirin ADME / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / monooxygenase activity / xenobiotic metabolic process / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PALMITIC ACID / PHOSPHATE ION / Cytochrome P450 2C8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Schoch, G.A. / Yano, J.K. / Wester, M.R. / Griffin, K.J. / Stout, C.D. / Johnson, E.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structure of human microsomal cytochrome P450 2C8. Evidence for a peripheral fatty acid binding site
著者: Schoch, G.A. / Yano, J.K. / Wester, M.R. / Griffin, K.J. / Stout, C.D. / Johnson, E.F.
履歴
登録2003年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 2C8
B: Cytochrome P450 2C8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,9497
ポリマ－108,1082
非ポリマー1,8415
水66737
1
A: Cytochrome P450 2C8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0224
ポリマ－54,0541
非ポリマー9683
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450 2C8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9273
ポリマ－54,0541
非ポリマー8732
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.988, 137.405, 97.322
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.51, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 2C8 / CYPIIC8 / P450 form 1 / P450 MP- 12/MP-20 / P450 IIC2 / S-mephenytoin 4-hydroxylase


分子量: 54054.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP2C8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10632, unspecific monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ETHANOL, PEG 4000, HEPES, SODIUM CHLORIDE, CYMAL-6 , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 24 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
11.12 mMCYMAL-6 detergent1reservoir
240 mMpotassium phosphate1reservoirpH7.4
3400 mM1reservoirNaCl
40.8 mMEDTA1reservoir
50.16 mMdithiothreitol1reservoir
616 %glycerol1reservoir
7100 mMHEPES1reservoirpH7.5
815 %ethanol1reservoir
910 %PEG40001reservoir
10100 mMHEPES1droppH7.5
1115 %ethanol1drop
1210 %PEG40001drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.6 Å / Num. all: 82164 / Num. obs: 38682 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 97.4
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 34573 / % possible obs: 97.5 % / Num. measured all: 79013 / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.9 % / Rmerge(I) obs: 0.512

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1N6B

1n6b


解像度: 2.7→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 1751 5 %RANDOM
Rwork0.248 ---
all0.249 81039 --
obs0.248 34573 97.8 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.497 Å0.4226 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5489 Å0.4933 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7386 0 127 37 7550
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.010994
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.65176
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.03231
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.56201
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / Rfactor Rfree: 0.284 / Rfactor Rwork: 0.247
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0091
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.03231
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.56201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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