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万見
- PDB-1ppe: THE REFINED 2.0 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ppe
タイトルTHE REFINED 2.0 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX FORMED BETWEEN BOVINE BETA-TRYPSIN AND CMTI-I, A TRYPSIN INHIBITOR FROM SQUASH SEEDS (CUCURBITA MAXIMA): TOPOLOGICAL SIMILARITY OF THE SQUASH SEED INHIBITORS WITH THE CARBOXYPEPTIDASE A INHIBITOR FROM POTATOES
要素
  • TRYPSIN
  • TRYPSIN INHIBITOR CMTI-I
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SERINE PROTEINASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I7, squash / Squash family serine protease inhibitor / Squash family of serine protease inhibitors signature. / Plant trypsin inhibitors / Proteinase/amylase inhibitor domain superfamily / : / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family ...Proteinase inhibitor I7, squash / Squash family serine protease inhibitor / Squash family of serine protease inhibitors signature. / Plant trypsin inhibitors / Proteinase/amylase inhibitor domain superfamily / : / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease 1 / Trypsin inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bode, W. / Huber, R.
引用
ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1989
タイトル: The refined 2.0 A X-ray crystal structure of the complex formed between bovine beta-trypsin and CMTI-I, a trypsin inhibitor from squash seeds (Cucurbita maxima). Topological similarity ...タイトル: The refined 2.0 A X-ray crystal structure of the complex formed between bovine beta-trypsin and CMTI-I, a trypsin inhibitor from squash seeds (Cucurbita maxima). Topological similarity of the squash seed inhibitors with the carboxypeptidase A inhibitor from potatoes
著者: Bode, W. / Greyling, H.J. / Huber, R. / Otlewski, J. / Wilusz, T.
#1: ジャーナル: Curr.Opin.Struct.Biol. / 年: 1991
タイトル: Ligand Binding: Proteinase-Protein Inhibitor Interactions
著者: Bode, W. / Huber, R.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Nuclear Magnetic Resonance Solution and X-Ray Structures of Squash Trypsin Inhibitor Exhibit the Same Conformation of the Proteinase Binding Loop
著者: Holak, T.A. / Bode, W. / Huber, R. / Otlewski, J. / Wilusz, T.
#3: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1985
タイトル: The Squash Family of Serine Proteinase Inhibitors. Amino Acid Sequences and Association Equilibrium Constants of Inhibitors from Squash, Summer Squash, Zucchini, and Cucumber Seeds
著者: Wieczorek, M. / Otlewski, J. / Cook, J. / Parks, K. / Leluk, J. / Wilimowska-Pelc, A. / Polanowski, A. / Wilusz, T. / Laskowski Junior, M.
#4: ジャーナル: Hoppe-Seyler's Z.Physiol.Chem. / 年: 1983
タイトル: Amino-Acid Sequence of Two Trypsin Isoinhibitors, Itd I and Itd III from Squash Seeds (Cucurbita Maxima)
著者: Wilusz, T. / Wieczorek, M. / Polanowski, A. / Denton, A. / Cook, J. / Laskowski Junior, M.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1975
タイトル: The Refined Crystal Structure of Bovine Beta-Trypsin at 1.8 Angstroms Resolution. Crystallographic Refinement, Calcium Binding Site, Benzamidine Binding Site and Active Site at Ph 7.0
著者: Bode, W. / Schwager, P.
履歴
登録1991年10月24日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: TRYPSIN
I: TRYPSIN INHIBITOR CMTI-I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6042
ポリマ－26,6042
非ポリマー00
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area9920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.280, 55.470, 74.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: GLU E 70 - ASP E 71 OMEGA ANGLE = 149.885 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION

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要素

#1: タンパク質 TRYPSIN


分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 器官: SEED / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: タンパク質・ペプチド TRYPSIN INHIBITOR CMTI-I


分子量: 3279.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P01074
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.62 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 5 / PH range high: 4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 %PEG60001reservoir
20.1 Mphosphate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. obs: 14191 / % possible obs: 81 % / Num. measured all: 54864 / Rmerge(I) obs: 0.073

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解析

ソフトウェア
名称分類
SQUASH位相決定
EREF精密化
精密化解像度: 2→6 Å / Rfactor Rwork: 0.151
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1851 0 0 140 1991
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.7
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: EREF / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 13077 / Rfactor obs: 0.151
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 15 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: o_angle_d / Dev ideal: 2.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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