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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ppe | ||||||
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タイトル | THE REFINED 2.0 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX FORMED BETWEEN BOVINE BETA-TRYPSIN AND CMTI-I, A TRYPSIN INHIBITOR FROM SQUASH SEEDS (CUCURBITA MAXIMA): TOPOLOGICAL SIMILARITY OF THE SQUASH SEED INHIBITORS WITH THE CARBOXYPEPTIDASE A INHIBITOR FROM POTATOES | ||||||
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![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SERINE PROTEINASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Bode, W. / Huber, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The refined 2.0 A X-ray crystal structure of the complex formed between bovine beta-trypsin and CMTI-I, a trypsin inhibitor from squash seeds (Cucurbita maxima). Topological similarity ...タイトル: The refined 2.0 A X-ray crystal structure of the complex formed between bovine beta-trypsin and CMTI-I, a trypsin inhibitor from squash seeds (Cucurbita maxima). Topological similarity of the squash seed inhibitors with the carboxypeptidase A inhibitor from potatoes 著者: Bode, W. / Greyling, H.J. / Huber, R. / Otlewski, J. / Wilusz, T. #1: ![]() タイトル: Ligand Binding: Proteinase-Protein Inhibitor Interactions 著者: Bode, W. / Huber, R. #2: ![]() タイトル: Nuclear Magnetic Resonance Solution and X-Ray Structures of Squash Trypsin Inhibitor Exhibit the Same Conformation of the Proteinase Binding Loop 著者: Holak, T.A. / Bode, W. / Huber, R. / Otlewski, J. / Wilusz, T. #3: ![]() タイトル: The Squash Family of Serine Proteinase Inhibitors. Amino Acid Sequences and Association Equilibrium Constants of Inhibitors from Squash, Summer Squash, Zucchini, and Cucumber Seeds 著者: Wieczorek, M. / Otlewski, J. / Cook, J. / Parks, K. / Leluk, J. / Wilimowska-Pelc, A. / Polanowski, A. / Wilusz, T. / Laskowski Junior, M. #4: ![]() タイトル: Amino-Acid Sequence of Two Trypsin Isoinhibitors, Itd I and Itd III from Squash Seeds (Cucurbita Maxima) 著者: Wilusz, T. / Wieczorek, M. / Polanowski, A. / Denton, A. / Cook, J. / Laskowski Junior, M. #5: ![]() タイトル: The Refined Crystal Structure of Bovine Beta-Trypsin at 1.8 Angstroms Resolution. Crystallographic Refinement, Calcium Binding Site, Benzamidine Binding Site and Active Site at Ph 7.0 著者: Bode, W. / Schwager, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 58.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 370.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 376.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: GLU E 70 - ASP E 71 OMEGA ANGLE = 149.885 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3279.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P01074 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.62 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 5 / PH range high: 4 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. obs: 14191 / % possible obs: 81 % / Num. measured all: 54864 / Rmerge(I) obs: 0.073 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→6 Å / Rfactor Rwork: 0.151 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: EREF / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 13077 / Rfactor obs: 0.151 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 15 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: o_angle_d / Dev ideal: 2.7 |