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- PDB-1pp8: crystal structure of the T. vaginalis IBP39 Initiator binding dom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pp8
タイトルcrystal structure of the T. vaginalis IBP39 Initiator binding domain (IBD) bound to the alpha-SCS Inr element
要素
  • (ALPHA-SCS INR) x 2
  • 39 kDa initiator binding protein
キーワードTranscription/DNA / IBP39 / Initiator binding protein / Inr / core promoter / transcription / T. vaginalis / Transcription-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Initiator binding domain / Initiator binding protein 39kDa, C-terminal / IBP39, C-terminal domain superfamily / Transcription-initiator DNA-binding domain IBD / Initiator binding protein 39 kDa / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / 39 kDa initiator binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Lau, A.O.T. / Johnson, P.J.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2003
タイトル: Structural Basis of Core Promoter Recognition in a Primitive Eukaryote
著者: Schumacher, M.A. / Lau, A.O.T. / Johnson, P.J.
履歴
登録2003年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: ALPHA-SCS INR
I: ALPHA-SCS INR
Y: ALPHA-SCS INR
K: ALPHA-SCS INR
T: ALPHA-SCS INR
R: ALPHA-SCS INR
J: ALPHA-SCS INR
G: ALPHA-SCS INR
U: 39 kDa initiator binding protein
P: 39 kDa initiator binding protein
F: 39 kDa initiator binding protein
V: 39 kDa initiator binding protein
M: 39 kDa initiator binding protein
O: 39 kDa initiator binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,55416
ポリマ－121,36214
非ポリマー1922
水00
1
K: ALPHA-SCS INR
J: ALPHA-SCS INR
F: 39 kDa initiator binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6683
ポリマ－22,6683
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
Y: ALPHA-SCS INR
R: ALPHA-SCS INR
M: 39 kDa initiator binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6683
ポリマ－22,6683
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: ALPHA-SCS INR
G: ALPHA-SCS INR
U: 39 kDa initiator binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6683
ポリマ－22,6683
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
I: ALPHA-SCS INR
T: ALPHA-SCS INR
P: 39 kDa initiator binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6683
ポリマ－22,6683
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
V: 39 kDa initiator binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4402
ポリマ－15,3441
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
O: 39 kDa initiator binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4402
ポリマ－15,3441
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)292.000, 292.000, 292.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number196
Space group name H-MF23
詳細the crystallographic asymmetric unit contains two apo IBDs and four IBD-alphaSCS complexes that are arranged as a pseudocontinous helix. Because extra IBD was used in the crystallization, there are extra apo IBDs.

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要素

#1: DNA鎖
ALPHA-SCS INR


分子量: 3597.367 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: the alpha-SCS Inr promoter element, DNA site
#2: DNA鎖
ALPHA-SCS INR


分子量: 3726.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質
39 kDa initiator binding protein


分子量: 15344.390 Da / 分子数: 6 / Fragment: residues 1-126 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
遺伝子: Trichomonas vaginalis:IBP39 / プラスミド: pEQ60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q95VR4
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Ammonium sulphate, MES pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Ammonium sulphate11
2MES11
3H2O11
4Ammonium sulphate12
結晶化
*PLUS
温度: 298 K
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
22.5 Mammonium sulfate1reservoir
30.1 MMES1reservoirpH5.6
41

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.96 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月3日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→146 Å / Num. all: 38349 / Num. obs: 36349 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 99.9 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 3.05→3.16 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.488 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.05→146 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: after structure determination, minimal refinement was carried out in CNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.311 1836 5 %RANDOM
Rwork0.269 ---
all0.272 38349 --
obs0.269 36045 94.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 190.751 Å2 / ksol: 0.327975 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 99.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→146 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5314 1944 10 0 7268
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.63
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.631.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.182
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.222
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.822.5
LS精密化 シェル解像度: 3.05→3.24 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 247 5.2 %
Rwork0.384 4489 -
obs--73.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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