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万見
- PDB-1pp5: Structure of Antibacterial Peptide Microcin J25: a 21-Residue Lar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pp5
タイトルStructure of Antibacterial Peptide Microcin J25: a 21-Residue Lariat Protoknot
要素microcin J25
キーワードANTIBIOTIC / LARIAT / PROTOKNOT / BACKBONE-SIDECHAIN AMIDE LINKAGE / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / Microcin J25 / Microcin J25
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Bayro, M.J. / Swapna, G.V.T. / Huang, J.Y. / Ma, L.-C. / Mukhopadhyay, J. / Ebright, R.H. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2003
タイトル: Structure of Antibacterial Peptide Microcin J25: A 21-Residue Lariat Protoknot.
著者: Bayro, M.J. / Mukhopadhyay, J. / Swapna, G.V.T. / Huang, J.Y. / Ma, L.-C. / Sineva, E. / Dawson, P.E. / Montelione, G.T. / Ebright, R.H.
履歴
登録2003年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: microcin J25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,1261
ポリマ－2,1261
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 60structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド microcin J25


タイプ: Polypeptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 2126.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: MCJA / プラスミド: pTUC202 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: Q9X2V7, Microcin J25
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
131HNHA
141HN(CA)CB
151CBCA(CO)NH
161
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細内容: 2mM Microcin J25 U-13C,15N; 99.5% CD3OH, 0.5% H2O / 溶媒系: 99.5% CD3OH, 0.5% H2O
試料状態イオン強度: NA / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
AutoProc0.8Bayro, M.J.; Monleon, D.; Baran, M.C.; Sahota, G.; Paranji, R.; Moseley, H.N.B.; Aramini, J.M.; Swapna, G.V.T.; Montelione, G.T.解析
NMRPipe1.4Delaglio, F.; Grzesiek, S.; Vuister, G.; Zhu, G.; Pfeifer, J.; Bax, A.解析
AutoStructure1.1.2Huang, Y.J., Tejero, R., Montelione, G.T.構造決定
DYANA1.5Guntert, P.; Mumenthaler, C.; Wuthrich, K.構造決定
PdbStat3.25Tejero, R.; Montelione, G.T.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The ensemble of structures is based on a total of 198 conformationally restraining constraints, 179 are NOE-derived distance constraints, 13 are dihedral angle constraints, 6 are distance ...詳細: The ensemble of structures is based on a total of 198 conformationally restraining constraints, 179 are NOE-derived distance constraints, 13 are dihedral angle constraints, 6 are distance constraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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