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- PDB-1pp4: The crystal structure of rhamnogalacturonan acetylesterase in spa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pp4
タイトルThe crystal structure of rhamnogalacturonan acetylesterase in space group P3121
要素Rhamnogalacturonan acetylesterase
キーワードHYDROLASE / GDS(L) hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


rhamnogalacturonan acetylesterase / hydrolase activity, acting on ester bonds
類似検索 - 分子機能
Rhamnogalacturonan acetylesterase RhgT-like / GDSL lipase/esterase / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase / SGNH hydrolase / SGNH hydrolase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rhamnogalacturonan acetylesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus aculeatus (カビ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Molgaard, A. / Larsen, S.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Crystal packing in two pH-dependent crystal forms of rhamnogalacturonan acetylesterase.
著者: Molgaard, A. / Larsen, S.
#1: ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Rhamnogalacturonan acetylesterase elucidates the structure and function of a new family of hydrolases
著者: Molgaard, A. / Kauppinen, S. / Larsen, S.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of the heterogeneously glycosylated enzyme rhamnogalacturonan acetylesterase from Aspergillus aculeatus
著者: Molgaard, A. / Petersen, J.F. / Kauppinen, S. / Dalboge, H. / Johnsen, A.H. / Poulsen, J.C.N. / Larsen, S.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: A branched N-linked glycan at atomic resolution in the 1.12 A structure of rhamnogalacturonan acetylesterase
著者: Molgaard, A. / Larsen, S.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995
タイトル: Molecular cloning and characterization of a rhamnogalacturonan acetylesterase from Aspergillus aculeatus. Synergism between rhamnogalacturonan degrading enzymes
著者: Kauppinen, S. / Christgau, S. / Kofod, L.V. / Halkier, T. / Dorreich, K. / Dalboge, H.
履歴
登録2003年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhamnogalacturonan acetylesterase
B: Rhamnogalacturonan acetylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1316
ポリマ－49,2462
非ポリマー8854
水1,06359
1
A: Rhamnogalacturonan acetylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0653
ポリマ－24,6231
非ポリマー4422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Rhamnogalacturonan acetylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0653
ポリマ－24,6231
非ポリマー4422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.360, 75.360, 212.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The biological assembly is a monomer represented by either the A or the B chain in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Rhamnogalacturonan acetylesterase / RGAE


分子量: 24622.881 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus aculeatus (カビ) / 遺伝子: RHA1 / プラスミド: PHD464 / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 株 (発現宿主): KSM 510
参照: UniProt: Q00017, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: PEG 4000, 2-propanol, citrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月15日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→29.6 Å / Num. all: 25036 / Num. obs: 24979 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 56.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087
反射 シェル解像度: 2.49→2.62 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
TRUNCATEデータ削減
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1deo

1deo


解像度: 2.5→28.18 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.222 2413 10% chosen randomly
Rwork0.182 --
all-24979 -
obs-24456 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3470 0 56 59 3585
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.306
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.348 291
Rwork0.316 2657

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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