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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pob | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF COBRA-VENOM PHOSPHOLIPASE A2 IN A COMPLEX WITH A TRANSITION-STATE ANALOGUE | ||||||
要素 | PHOSPHOLIPASE A2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 calcium-dependent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Naja atra (タイワンコブラ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | White, S.P. / Scott, D.L. / Otwinowski, Z. / Sigler, P.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 1990 タイトル: Crystal structure of cobra-venom phospholipase A2 in a complex with a transition-state analogue. 著者: White, S.P. / Scott, D.L. / Otwinowski, Z. / Gelb, M.H. / Sigler, P.B. #1: ジャーナル: Science / 年: 1990 タイトル: Interfacial Catalysis: The Mechanism of Phospholipase A2 著者: Scott, D.L. / White, S.P. / Otwinowski, Z. / Yuan, W. / Gelb, M.H. / Sigler, P.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pob.cif.gz | 61.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pob.ent.gz | 48.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pob.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1pob_validation.pdf.gz | 466.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1pob_full_validation.pdf.gz | 481.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1pob_validation.xml.gz | 9.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1pob_validation.cif.gz | 14.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/1pob ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/1pob | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13154.642 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Naja atra (タイワンコブラ) / 参照: UniProt: P00598, phospholipase A2 #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.93 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Rmerge(I) obs: 0.07 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.179 / Rfactor obs: 0.179 / 最高解像度: 2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Rfactor obs: 0.179 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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