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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pmm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Escherichia coli GadB (low pH) | ||||||
要素 | Glutamate decarboxylase beta | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / LOW-PH FORM OF GadB | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グルタミン酸デカルボキシラーゼ / glutamate decarboxylase activity / glutamate catabolic process / intracellular pH elevation / pyridoxal phosphate binding / 生体膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Capitani, G. / De Biase, D. / Aurizi, C. / Gut, H. / Bossa, F. / Grutter, M.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2003 タイトル: Crystal structure and functional analysis of escherichia coli glutamate decarboxylase 著者: Capitani, G. / De Biase, D. / Aurizi, C. / Gut, H. / Bossa, F. / Grutter, M.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pmm.cif.gz | 555.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pmm.ent.gz | 468 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pmm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/1pmm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/1pmm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A HEXAMER |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52727.957 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: GADB / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 参照: UniProt: P69910, グルタミン酸デカルボキシラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-PLP / #3: 化合物 | ChemComp-ACY / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.53 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: sodium formate, sodium acetate, PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月12日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→24.62 Å / Num. obs: 178481 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.162 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 17609 / % possible all: 94.6 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 開始モデル: NULL 解像度: 2→24.62 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 15.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→24.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.03 Å /
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 25 Å / Rfactor Rwork: 0.183 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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