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- PDB-1pmd: PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2X (PBP-2X) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pmd
タイトルPENICILLIN-BINDING PROTEIN 2X (PBP-2X)
要素PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS MULTIFUNCTIONAL ENZYME
キーワードPEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / RESISTANCE / CELL WALL / TRANSMEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase ...: / PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Penicillin-binding protein 2x
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Pares, S. / Mouz, N. / Dideberg, O.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: X-ray structure of Streptococcus pneumoniae PBP2x, a primary penicillin target enzyme.
著者: Pares, S. / Mouz, N. / Petillot, Y. / Hakenbeck, R. / Dideberg, O.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallization of a Genetically Engineered Water-Soluble Primary Penicillin Target Enzyme. The High Molecular Mass Pbp2X of Streptococcus Pneumoniae
著者: Charlier, P. / Buisson, G. / Dideberg, O. / Wierenga, J. / Keck, W. / Laible, G. / Hakenbeck, R.
履歴
登録1996年2月5日処理サイト: BNL
改定 1.01997年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS MULTIFUNCTIONAL ENZYME


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9201
ポリマ－73,9201
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)161.250, 161.250, 170.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS MULTIFUNCTIONAL ENZYME / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 73919.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
参照: UniProt: P14677

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.62 %
結晶化
*PLUS
温度: 15 ℃ / pH: 4.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
24 %PEG100001drop
350 mMacetate1drop
48 %peg100001reservoir
5100 mMacetate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.5→30 Å / Num. obs: 16436 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.062

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 3.5→6 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 -0.316 %
Rwork0.225 --
obs0.225 12257 78.3 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数675 0 0 0 675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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