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- PDB-1pm3: MTH1859 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pm3
タイトルMTH1859
要素MTH1895
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / PRC-barrel-like superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta / PRC-barrel domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Ye, H. / Steegborn, C. / Wu, H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the putative adapter protein MTH1859.
著者: Ye, H. / Chen, T.C. / Xu, X. / Pennycooke, M. / Wu, H. / Steegborn, C.
履歴
登録2003年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MTH1895
B: MTH1895


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8462
ポリマ－20,8462
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.700, 154.700, 68.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細behaves as dimer in solution; one dimer is contained in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 MTH1895


分子量: 10423.013 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O27887

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.5 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
16 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1reservoirpH7.0
310 %isopropanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A
検出器検出器: CCD / 日付: 2002年8月3日
放射モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3→40 Å / Num. obs: 18202 / % possible obs: 97.8 % / Biso Wilson estimate: 48.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.463 / % possible all: 97.6
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 40 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.15→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 429092.29 / Data cutoff high rms absF: 429092.29 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 486 6.3 %RANDOM
Rwork0.255 ---
all0.258 ---
obs0.258 7712 88.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 25.8705 Å2 / ksol: 0.297751 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.17 Å218.02 Å20 Å2
2--4.17 Å20 Å2
3----8.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.55 Å0.45 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.56 Å0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1036 0 0 0 1036
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d6.58
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR / Rms dev position: 0.82 Å / Weight position: 200
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.046 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 67 6.3 %
Rwork0.334 1000 -
obs--76 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP
ソフトウェア
*PLUS
分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / % reflection Rfree: 7 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg6.58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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