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万見
- PDB-1plf: THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF BOVINE PLATELET FACTOR 4 AT 3.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1plf
タイトルTHE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF BOVINE PLATELET FACTOR 4 AT 3.0 ANGSTROMS RESOLUTION
要素PLATELET FACTOR 4
キーワードPLATELET FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


CXCR3 chemokine receptor binding / CXCR chemokine receptor binding / leukocyte chemotaxis / chemokine activity / negative regulation of megakaryocyte differentiation / neutrophil chemotaxis / negative regulation of angiogenesis / platelet activation / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytokine-mediated signaling pathway ...CXCR3 chemokine receptor binding / CXCR chemokine receptor binding / leukocyte chemotaxis / chemokine activity / negative regulation of megakaryocyte differentiation / neutrophil chemotaxis / negative regulation of angiogenesis / platelet activation / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytokine-mediated signaling pathway / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / heparin binding / regulation of cell population proliferation / cellular response to lipopolysaccharide / inflammatory response / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 ...CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRACYANONICKELATE ION / Platelet factor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者St Charles, R. / Edwards, B.F.P.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: The three-dimensional structure of bovine platelet factor 4 at 3.0-A resolution.
著者: St Charles, R. / Walz, D.A. / Edwards, B.F.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1984
タイトル: X-Ray Diffraction Analysis of Crystals of Bovine Platelet Factor 4
著者: Charles, R.St. / Ciaglowski, R.E. / Walz, D. / Edwards, B.F.P.
履歴
登録1993年10月20日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Other / Refinement description / カテゴリ: pdbx_database_status / software
Item: _pdbx_database_status.process_site / _software.classification
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLATELET FACTOR 4
B: PLATELET FACTOR 4
C: PLATELET FACTOR 4
D: PLATELET FACTOR 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7035
ポリマ－31,5414
非ポリマー1631
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6770 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area13030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.700, 68.000, 80.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
PLATELET FACTOR 4


分子量: 7885.171 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02777
#2: 化合物 ChemComp-TCN / TETRACYANONICKELATE ION


分子量: 162.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4N4Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE FIRST THIRTEEN RESIDUES OF THE NATIVE PROTEIN WERE PROTEOLYTICALLY REMOVED WITH PORCINE ...THE FIRST THIRTEEN RESIDUES OF THE NATIVE PROTEIN WERE PROTEOLYTICALLY REMOVED WITH PORCINE ELASTASE PRIOR TO CRYSTALLIZATION. DENSITY WAS POOR OR LACKING FOR RESIDUES 14 - 22 IN MONOMERS 'A' AND 'C' AND FOR RESIDUES 14 - 20 IN MONOMERS 'B' AND 'D'. THESE REGIONS OF THE PROTEIN WERE NOT MODELED.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.36 %
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
20.4 M1dropNaCl
30.02-0.14 M1reservoirNaCl

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. all: 7080 / Num. measured all: 6901 / Rmerge(I) obs: 0.047

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROFFT精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 2
詳細: THERE IS ONE NI(CN)4 (-2) ANION BOUND PER TETRAMER IN THE UNIT CELL. BINDING OF THIS COMPLEX WAS NECESSARY IN ORDER TO PREPARE A CRYSTAL FORM ISOMORPHOUS WITH A SINGLE PT(CN)4 DERIVATIVE USED ...詳細: THERE IS ONE NI(CN)4 (-2) ANION BOUND PER TETRAMER IN THE UNIT CELL. BINDING OF THIS COMPLEX WAS NECESSARY IN ORDER TO PREPARE A CRYSTAL FORM ISOMORPHOUS WITH A SINGLE PT(CN)4 DERIVATIVE USED IN PHASING THE PARENT CRYSTAL DATA.
Rfactor反射数
Rwork0.209 -
obs0.209 14466
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1970 0 9 79 2058
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.3621
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.4891.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.2191.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.7472
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 14466 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.209
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d0.030.046
X-RAY DIFFRACTIONx_planar_d0.050.064
X-RAY DIFFRACTIONx_plane_restr0.020.014
X-RAY DIFFRACTIONx_chiral_restr0.150.17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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