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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1plf | ||||||
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タイトル | THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF BOVINE PLATELET FACTOR 4 AT 3.0 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 | PLATELET FACTOR 4 | ||||||
キーワード | PLATELET FACTOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CXCR3 chemokine receptor binding / CXCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / leukocyte chemotaxis / chemokine activity / negative regulation of megakaryocyte differentiation / neutrophil chemotaxis / negative regulation of angiogenesis / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / platelet activation ...CXCR3 chemokine receptor binding / CXCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / leukocyte chemotaxis / chemokine activity / negative regulation of megakaryocyte differentiation / neutrophil chemotaxis / negative regulation of angiogenesis / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / platelet activation / cytokine-mediated signaling pathway / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / heparin binding / regulation of cell population proliferation / cellular response to lipopolysaccharide / inflammatory response / immune response / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | St Charles, R. / Edwards, B.F.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989 タイトル: The three-dimensional structure of bovine platelet factor 4 at 3.0-A resolution. 著者: St Charles, R. / Walz, D.A. / Edwards, B.F. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1984 タイトル: X-Ray Diffraction Analysis of Crystals of Bovine Platelet Factor 4 著者: Charles, R.St. / Ciaglowski, R.E. / Walz, D. / Edwards, B.F.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1plf.cif.gz | 57.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1plf.ent.gz | 46.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1plf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1plf_validation.pdf.gz | 403.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1plf_full_validation.pdf.gz | 417 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1plf_validation.xml.gz | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1plf_validation.cif.gz | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/1plf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/1plf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7885.171 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02777 #2: 化合物 | ChemComp-TCN / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THE FIRST THIRTEEN RESIDUES OF THE NATIVE PROTEIN WERE PROTEOLYTICALLY REMOVED WITH PORCINE ...THE FIRST THIRTEEN RESIDUES OF THE NATIVE PROTEIN WERE PROTEOLYTI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.36 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. all: 7080 / Num. measured all: 6901 / Rmerge(I) obs: 0.047 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 2 詳細: THERE IS ONE NI(CN)4 (-2) ANION BOUND PER TETRAMER IN THE UNIT CELL. BINDING OF THIS COMPLEX WAS NECESSARY IN ORDER TO PREPARE A CRYSTAL FORM ISOMORPHOUS WITH A SINGLE PT(CN)4 DERIVATIVE USED ...詳細: THERE IS ONE NI(CN)4 (-2) ANION BOUND PER TETRAMER IN THE UNIT CELL. BINDING OF THIS COMPLEX WAS NECESSARY IN ORDER TO PREPARE A CRYSTAL FORM ISOMORPHOUS WITH A SINGLE PT(CN)4 DERIVATIVE USED IN PHASING THE PARENT CRYSTAL DATA.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 14466 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.209 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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