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万見
- PDB-1pl6: Human SDH/NADH/inhibitor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pl6
タイトルHuman SDH/NADH/inhibitor complex
要素Sorbitol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / sorbitol dehydrogenase / CP-166 / 572
機能・相同性
機能・相同性情報


ribitol 2-dehydrogenase / D-sorbitol dehydrogenase (acceptor) activity / ribitol 2-dehydrogenase (NAD+) activity / L-xylitol catabolic process / L-xylitol metabolic process / (R,R)-butanediol dehydrogenase / (R,R)-butanediol dehydrogenase activity / D-xylulose reductase / sorbitol catabolic process / D-xylulose reductase activity ...ribitol 2-dehydrogenase / D-sorbitol dehydrogenase (acceptor) activity / ribitol 2-dehydrogenase (NAD+) activity / L-xylitol catabolic process / L-xylitol metabolic process / (R,R)-butanediol dehydrogenase / (R,R)-butanediol dehydrogenase activity / D-xylulose reductase / sorbitol catabolic process / D-xylulose reductase activity / L-iditol 2-dehydrogenase / L-iditol 2-dehydrogenase (NAD+) activity / glucuronate catabolic process to xylulose 5-phosphate / Formation of xylulose-5-phosphate / flagellated sperm motility / Fructose biosynthesis / fructose biosynthetic process / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / motile cilium / mitochondrial membrane / glucose metabolic process / NAD binding / carbohydrate binding / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sorbitol dehydrogenase-like / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain ...Sorbitol dehydrogenase-like / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-572 / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Sorbitol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pauly, T.A. / Ekstrom, J.L. / Beebe, D.A. / Chrunyk, B. / Cunningham, D. / Griffor, M. / Kamath, A. / Lee, S.E. / Madura, R. / Mcguire, D. ...Pauly, T.A. / Ekstrom, J.L. / Beebe, D.A. / Chrunyk, B. / Cunningham, D. / Griffor, M. / Kamath, A. / Lee, S.E. / Madura, R. / Mcguire, D. / Subashi, T. / Wasilko, D. / Watts, P. / Mylari, B.L. / Oates, P.J. / Adams, P.D. / Rath, V.L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: X-ray crystallographic and kinetic studies of human sorbitol dehydrogenase.
著者: Pauly, T.A. / Ekstrom, J.L. / Beebe, D.A. / Chrunyk, B. / Cunningham, D. / Griffor, M. / Kamath, A. / Lee, S.E. / Madura, R. / Mcguire, D. / Subashi, T. / Wasilko, D. / Watts, P. / Mylari, B. ...著者: Pauly, T.A. / Ekstrom, J.L. / Beebe, D.A. / Chrunyk, B. / Cunningham, D. / Griffor, M. / Kamath, A. / Lee, S.E. / Madura, R. / Mcguire, D. / Subashi, T. / Wasilko, D. / Watts, P. / Mylari, B.L. / Oates, P.J. / Adams, P.D. / Rath, V.L.
履歴
登録2003年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
Remark 999 The sequence variant Leu -> Gln for residue 238 is noted in Swiss-Prot entry Q00796.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorbitol dehydrogenase
B: Sorbitol dehydrogenase
C: Sorbitol dehydrogenase
D: Sorbitol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,53916
ポリマ－154,4184
非ポリマー4,12112
水21,8521213
1
A: Sorbitol dehydrogenase
B: Sorbitol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Sorbitol dehydrogenase
B: Sorbitol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,53916
ポリマ－154,4184
非ポリマー4,12112
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_765-x+2,-y+1,z1
Buried area18540 Å2
ΔGint-279 kcal/mol
Surface area49410 Å2
手法PISA
2
C: Sorbitol dehydrogenase
D: Sorbitol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2698
ポリマ－77,2092
非ポリマー2,0606
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18560 Å2
ΔGint-282 kcal/mol
Surface area49440 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)134.814, 134.814, 225.184
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質
Sorbitol dehydrogenase / L-iditol 2-dehydrogenase


分子量: 38604.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q00796, L-iditol 2-dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-572 / 4-[2-(HYDROXYMETHYL)PYRIMIDIN-4-YL]-N,N-DIMETHYLPIPERAZINE-1-SULFONAMIDE / CP-166572, 2-HYDROXYMETHYL-4-(4-N,N-DIMETHYLAMINOSULFONYL-1-PIPERAZINO)-PYRIMIDINE / SDI-158


分子量: 301.365 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19N5O3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.83 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.15
詳細: NH4OAc, NaCitrate, PEG 4000, pH 6.15, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
12.0 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES-NaOH1droppH7.8
3100 mM1dropNaCl
42 mMdithiothreitol1drop
50.1 mMNADH1drop
60.2 mMCP-166,5721drop
7150 mM1reservoirNH4OAc
8100 mMsodium citrate1reservoirpH6.15
930 %PEG40001reservoir
102.5 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年11月8日 / 詳細: Monochromator Double-crystal Si(111)
放射モノクロメーター: Monochromator Double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→99 Å / Num. obs: 178211 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 33.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.821 / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique all: 2193 / % possible all: 46.2
反射
*PLUS
最低解像度: 99 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.3 % / Rmerge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 1.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→57.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 13871 4.9 %RANDOM
Rwork0.183 ---
all0.183 ---
obs0.183 178211 92.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.6319 Å2 / ksol: 0.381908 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6 Å20.77 Å20 Å2
2--1.6 Å20 Å2
3----3.2 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.23 Å / Luzzati sigma a free: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→57.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10708 0 260 1213 12181
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 2197 5 %
Rwork0.221 42063 -
obs--85.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ALL.PARALL.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 57.8 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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