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- PDB-1pku: Crystal Structure of Nucleoside Diphosphate Kinase from Rice -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pku
タイトルCrystal Structure of Nucleoside Diphosphate Kinase from Rice
要素Nucleoside Diphosphate Kinase I
キーワードTRANSFERASE / nucleoside diphosphate kinase / rice
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoside diphosphate kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Huang, J.-Y. / Chang, C.-Y. / Chang, T. / Chen, C.-J.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of nucleoside diphosphate kinase required for coleoptile elongation in rice (Oryza sativa L.).
著者: Huang, J.Y. / Chang, T. / Chang, C.Y. / Chen, C.J.
履歴
登録2003年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年4月23日Group: Experimental preparation
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside Diphosphate Kinase I
B: Nucleoside Diphosphate Kinase I
C: Nucleoside Diphosphate Kinase I
D: Nucleoside Diphosphate Kinase I
E: Nucleoside Diphosphate Kinase I
F: Nucleoside Diphosphate Kinase I
G: Nucleoside Diphosphate Kinase I
H: Nucleoside Diphosphate Kinase I
I: Nucleoside Diphosphate Kinase I
J: Nucleoside Diphosphate Kinase I
K: Nucleoside Diphosphate Kinase I
L: Nucleoside Diphosphate Kinase I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,47412
ポリマ－204,47412
非ポリマー00
水4,071226
1
A: Nucleoside Diphosphate Kinase I
B: Nucleoside Diphosphate Kinase I
C: Nucleoside Diphosphate Kinase I
D: Nucleoside Diphosphate Kinase I
E: Nucleoside Diphosphate Kinase I
F: Nucleoside Diphosphate Kinase I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,2376
ポリマ－102,2376
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17210 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area34850 Å2
手法PISA
2
G: Nucleoside Diphosphate Kinase I
H: Nucleoside Diphosphate Kinase I
I: Nucleoside Diphosphate Kinase I
J: Nucleoside Diphosphate Kinase I
K: Nucleoside Diphosphate Kinase I
L: Nucleoside Diphosphate Kinase I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,2376
ポリマ－102,2376
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17240 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area34760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.951, 182.944, 188.033
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Nucleoside Diphosphate Kinase I / Nucleoside Diphosphate Kinase


分子量: 17039.490 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ) / プラスミド: pHAT12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07661, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 4000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL12B211
シンクロトロンNSRRC BL17B221.1274
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2003年2月3日
RIGAKU RAXIS IV2IMAGE PLATE2003年3月10日
放射モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.12741
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. all: 85648 / Num. obs: 81623 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.37 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 75.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→25 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2626 8162 RANDOM
Rwork0.208 --
all0.242 85648 -
obs0.227 81623 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14352 0 0 226 14578

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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