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- PDB-1pkp: THE STRUCTURE OF RIBOSOMAL PROTEIN S5 REVEALS SITES OF INTERACTIO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pkp
タイトルTHE STRUCTURE OF RIBOSOMAL PROTEIN S5 REVEALS SITES OF INTERACTION WITH 16S RRNA
要素RIBOSOMAL PROTEIN S5
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


small ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Double Stranded RNA Binding Domain / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal ...Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Double Stranded RNA Binding Domain / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS5
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ramakrishnan, V. / White, S.W.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: The structure of ribosomal protein S5 reveals sites of interaction with 16S rRNA.
著者: Ramakrishnan, V. / White, S.W.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Model for the Three-Dimensional Folding of 16S Ribosomal RNA
著者: Stern, S. / Weiser, B. / Noller, H.F.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1983
タイトル: Proteins of the Bacillus Stearothermophilus Ribosome: A 5A Structure Analysis of Protein S5
著者: White, S.W. / Appelt, K. / Dijk, J. / Wilson, K.S.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1983
タイトル: Proteins of the Bacillus Stearothermophilus Ribosome. Crystallization of Proteins L30 and S5
著者: Appelt, K. / White, S.W. / Wilson, K.S.
#4: ジャーナル: Mol.Gen.Genet. / 年: 1975
タイトル: Effect of Different Mutations in Ribosomal Protein S5 of Escherichia Coli on Translational Fidelity
著者: Piepersberg, W. / Bock, A. / Wittmann, H.-G.
#5: ジャーナル: Mol.Gen.Genet. / 年: 1975
タイトル: Genetic Position and Amino Acid Replacements of Several Mutations in Ribosomal Protein S5 from Escherichia Coli
著者: Piepersberg, W. / Bock, A. / Yaguchi, M. / Wittmann, H.-G.
履歴
登録1993年8月30日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBOSOMAL PROTEIN S5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9151
ポリマ－15,9151
非ポリマー00
水00
1
A: RIBOSOMAL PROTEIN S5

A: RIBOSOMAL PROTEIN S5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8292
ポリマ－31,8292
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)59.300, 59.300, 109.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN S5


分子量: 15914.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS / 遺伝子 (発現宿主): BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS / 参照: UniProt: P02357

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.86 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown / PH range low: 8.2 / PH range high: 7.2
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15-10 mg/mlprotein11
21.2 Mphosphate12(NaH2PO4/K2HPO4 mixture)

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / Num. obs: 5829 / Num. measured all: 14806 / Rmerge(I) obs: 0.051

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.8→6 Å / Rfactor Rwork: 0.22 / Rfactor obs: 0.22 / σ(F): 0
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1071 0 0 0 1071
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.74
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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