PDB-1pk6: Globular Head of the Complement System Protein C1q

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1pk6

タイトル

Globular Head of the Complement System Protein C1q

要素

Complement C1q subcomponent, A chain precursor
Complement C1q subcomponent, B chain precursor
Complement C1q subcomponent, C chain precursor

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Complement system / C1q / immunology / jellyroll / IgG

機能・相同性

機能・相同性情報

complement component C1 complex / complement component C1q complex / negative regulation of macrophage differentiation / synapse pruning / negative regulation of granulocyte differentiation / vertebrate eye-specific patterning / complement-mediated synapse pruning / collagen trimer / complement activation / Classical antibody-mediated complement activation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Gaboriaud, C. / Juanhuix, J. / Gruez, A. / Lacroix, M. / Darnault, C. / Pignol, D. / Verger, D. / Fontecilla-Camps, J.C. / Arlaud, G.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The crystal structure of the globular head of complement protein C1q provides a basis for its versatile recognition properties.
著者: Gaboriaud, C. / Juanhuix, J. / Gruez, A. / Lacroix, M. / Darnault, C. / Pignol, D. / Verger, D. / Fontecilla-Camps, J.C. / Arlaud, G.J.

履歴

登録	2003年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月31日	Group: Advisory / Experimental preparation カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.4	2023年8月16日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1pk6.cif.gz	94.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1pk6.ent.gz	71.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1pk6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1pk6_validation.pdf.gz	439.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1pk6_full_validation.pdf.gz	441.3 KB	表示
XML形式データ	1pk6_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	1pk6_validation.cif.gz	25.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/1pk6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/1pk6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gr3S 1elv 1gpz 1nzi S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2jg9-1 5hzf-d 2jg8-1 2jg9-2 5ybz-d 4oul-2 2jg8-2 2wnu-2 5hkj-d 3tq4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (2) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Complement C1q subcomponent, A chain precursor

B: Complement C1q subcomponent, B chain precursor

C: Complement C1q subcomponent, C chain precursor

ヘテロ分子

44.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.182, 53.222, 90.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.32, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Complement C1q subcomponent, A chain precursor / C1Q 分子量: 14914.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: serum / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02745
#2: タンパク質	Complement C1q subcomponent, B chain precursor / C1Q 分子量: 14996.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: serum / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02746
#3: タンパク質	Complement C1q subcomponent, C chain precursor / C1Q 分子量: 14302.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: serum / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02747
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.34 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 4000, CaCl2, B-mercaptoethanol, agarose, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	3-5 mg/ml	protein	1	drop
2	50 mM	Tris-HCl	1	drop	pH7.6
3	250 mM		1	drop		NaCl
4	2 %	glycerol	1	drop
5	100 mM	sulfobetaine195	1	drop
6	0.2-0.4 %	agarose	1	drop
7	28-41 %	PEG4000	1	reservoir
8	100 mM	Tris-HCl	1	reservoir	pH7.0
9	50 mM		1	reservoir		CaCl2
10	10 mM	beta-mercaptoethanol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1998年1月28日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→25.4 Å / Num. all: 26237 / Num. obs: 26090 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 4.73 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 1.86→1.98 Å / 冗長度: 1.1 % / R_merge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 67.2
反射	PLUS 最低解像度: 26 Å / Num. measured all*: 116591
反射シェル	PLUS 最高解像度: 1.85 Å / % possible obs: 67.2 % / Num. unique obs: 3614 / Num. measured obs*: 3946

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
XDS		データ削減
CCP4		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB: 1GR3

1gr3

解像度: 1.85→25.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 5.396 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES A90, A92, A160, B92, B93, B108, B109, B150, B163, B165, C89 HAVE DIFFUSE LATERAL CHAINS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23858	1074	4.8 %	RANDOM
R_work	0.19869	-	-	-
all	0.20057	26237	-	-
obs	0.20057	21245	85.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.877 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0.03 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→25.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3115	0	1	198	3314

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	3158
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	2767
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.321	1.935	4290
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.611	3	6428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.06	5	391
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	476
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3555
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	681
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	537
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.274	0.2	3348
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.105	0.2	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	188
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.17	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.338	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.181	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.96	1.5	1956
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.823	2	3163
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.925	3	1202
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.428	4.5	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.851→1.898 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.275	19
R_work	0.278	413

精密化

*PLUS

最低解像度: 26 Å / R_factor R_free: 0.239 / R_factor R_work: 0.198

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 1.85 Å / 最低解像度: 1.98 Å / R_factor R_free: 0.27 / R_factor R_work: 0.28

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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