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- PDB-1pjy: Solution structure of the HIV-1 frameshift inducing stem-loop RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pjy
タイトルSolution structure of the HIV-1 frameshift inducing stem-loop RNA
要素HIV-1 frameshift inducing stem-loop
キーワードRNA / frameshift / HIV / tetraloop / RNA structure
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / torsion angle molecular dynamics, Cartesian space simulated annealing, molecular dynamics, residual dipolar coupling
データ登録者Staple, D.W. / Butcher, S.E.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2003
タイトル: Solution structure of the HIV-1 frameshift inducing stem-loop RNA.
著者: Staple, D.W. / Butcher, S.E.
履歴
登録2003年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 frameshift inducing stem-loop


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0711
ポリマ－7,0711
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100Submitted confermers represent the 20 lowest energy structures with no NOE violations greater than 0.2 Angstroms and no dihedral violations greater than 5 degrees
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 HIV-1 frameshift inducing stem-loop


分子量: 7071.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: T7 RNA transcript from synthetic DNA

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
3112D NOESY
3212D TOCSY
3313D 13C-separated NOESY
2412D HNN-COSY
1512D NOESY
3612D 1H-13C HSQC
NMR実験の詳細Text: The incorporation of residual dipolar couplings and the direct detection of hydrogen bonds with HNN-COSY were used in solving this structure

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試料調製

詳細内容: 1 mM HIV-1 frameshift inducing stem-loop RNA / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O, or 99.99% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150 mM 6.8ambient 283 K
250 mM 6.8ambient 298 K
350 mM 6.8ambient 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6collection
CNS1.1Brunger精密化
Felix98解析
Sparky3.72データ解析
精密化手法: torsion angle molecular dynamics, Cartesian space simulated annealing, molecular dynamics, residual dipolar coupling
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Submitted confermers represent the 20 lowest energy structures with no NOE violations greater than 0.2 Angstroms and no dihedral violations greater than 5 degrees
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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