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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pja | ||||||
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タイトル | The crystal structure of palmitoyl protein thioesterase-2 reveals the basis for divergent substrate specificities of the two lysosomal thioesterases (PPT1 and PPT2) | ||||||
要素 | Palmitoyl-protein thioesterase 2 precursor | ||||||
キーワード | HYDROLASE / glycoprotein / lysosome | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 palmitoyl hydrolase activity / palmitoyl-(protein) hydrolase activity / thiolester hydrolase activity / fatty-acyl-CoA biosynthetic process / Fatty acyl-CoA biosynthesis / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / lysosomal lumen / lysosome / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular exosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Calero, G. / Gupta, P. / Nonato, M.C. / Tandel, S. / Biehl, E.R. / Hofmann, S.L. / Clardy, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: The crystal structure of palmitoyl protein thioesterase-2 (PPT2) reveals the basis for divergent substrate specificities of the two lysosomal thioesterases, PPT1 and PPT2. 著者: Calero, G. / Gupta, P. / Nonato, M.C. / Tandel, S. / Biehl, E.R. / Hofmann, S.L. / Clardy, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pja.cif.gz | 63.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pja.ent.gz | 50.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pja.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1pja_validation.pdf.gz | 469.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1pja_full_validation.pdf.gz | 476.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1pja_validation.xml.gz | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1pja_validation.cif.gz | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/1pja ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/1pja | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34342.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPT2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9UMR5, palmitoyl[protein] hydrolase | ||
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 1.8-2.2M ammonium sulfate, 8% methyl-pentane-diol, 100 mM MES , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / PH range low: 6.5 / PH range high: 5.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.943 Å |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.943 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→40 Å / Num. all: 34721 / Num. obs: 34721 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.5 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 |
反射 | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.046 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→40 Å / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→40 Å
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.245 / Rfactor Rwork: 0.225 | ||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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