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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pi6 | ||||||
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タイトル | YEAST ACTIN INTERACTING PROTEIN 1 (Aip1), ORTHORHOMBIC CRYSTAL FORM | ||||||
要素 | Actin interacting protein 1 | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / WD repeat (WD40リピート) / beta-propeller (Βプロペラドメイン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cytokinesis / actin cortical patch / Platelet degranulation / mating projection tip / barbed-end actin filament capping / actin filament depolymerization / cortical actin cytoskeleton / マイクロフィラメント / actin filament binding / actin binding ...negative regulation of cytokinesis / actin cortical patch / Platelet degranulation / mating projection tip / barbed-end actin filament capping / actin filament depolymerization / cortical actin cytoskeleton / マイクロフィラメント / actin filament binding / actin binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Voegtli, W.C. / Madrona, A.Y. / Wilson, D.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: The structure of Aip1p, a WD repeat protein that regulates Cofilin-mediated actin depolymerization. 著者: Voegtli, W.C. / Madrona, A.Y. / Wilson, D.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pi6.cif.gz | 131.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pi6.ent.gz | 101.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pi6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/1pi6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/1pi6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67415.289 Da / 分子数: 1 / 変異: H530R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: AIP1 OR YMR092C OR YM9582.17C / プラスミド: pTyb4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21* / 参照: UniProt: P46680 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.97 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 15% PEG 4000, 100mM NaCl, 100mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年4月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→25 Å / Num. all: 23703 / Num. obs: 21676 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / % possible all: 80.6 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. obs: 22190 / % possible obs: 93.5 % / Num. measured all: 192575 / Rmerge(I) obs: 0.063 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.54 Å / % possible obs: 83.5 % / Rmerge(I) obs: 0.235 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1PGU 解像度: 2.5→24.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 434259.93 / Data cutoff high rms absF: 434259.93 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 14.5035 Å2 / ksol: 0.3143 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→24.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 25 Å / Rfactor Rfree: 0.263 / Rfactor Rwork: 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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