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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1phw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of KDO8P synthase in its binary complex with substrate analog 1-deoxy-A5P | ||||||
要素 | 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / BETA-ALPHA-BARRELS / LYASE / LIPOPOLYSACCHARIDE / A5P ANALOG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å | ||||||
データ登録者 | Vainer, R. / Belakhov, V. / Rabkin, E. / Baasov, T. / Adir, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: Crystal structures of Escherichia coli KDO8P synthase complexes reveal the source of catalytic irreversibility. 著者: Vainer, R. / Belakhov, V. / Rabkin, E. / Baasov, T. / Adir, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1phw.cif.gz | 66.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1phw.ent.gz | 48.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1phw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1phw_validation.pdf.gz | 435.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1phw_full_validation.pdf.gz | 452.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1phw_validation.xml.gz | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1phw_validation.cif.gz | 19.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/1phw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/1phw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. The biological assembly is a tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: x,y,z; -x,-y,z; -x,y,-z; x,y,-z; |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30870.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: KDSA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A715, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase |
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#2: 化合物 | ChemComp-N / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: PEG 6000, Glycrol, Tris-HCl , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294 K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.81 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月19日 / 詳細: Bent mirror |
放射 | モノクロメーター: Triangular mono chromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.81 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.36→45 Å / Num. all: 11488 / Num. obs: 11064 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 17.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.36→2.44 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.472 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 1109 / Rsym value: 0.444 / % possible all: 97.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1D9E (a) 解像度: 2.36→45 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.36→45 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.36→2.41 Å /
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