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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1php | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE ADP COMPLEX OF THE 3-PHOSPHOGLYCERATE KINASE FROM BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS AT 1.65 ANGSTROMS | ||||||
![]() | 3-PHOSPHOGLYCERATE KINASE | ||||||
![]() | KINASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / glycolytic process / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Davies, G.J. / Watson, H.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the ADP complex of the 3-phosphoglycerate kinase from Bacillus stearothermophilus at 1.65 A. 著者: Davies, G.J. / Gamblin, S.J. / Littlechild, J.A. / Dauter, Z. / Wilson, K.S. / Watson, H.C. #1: ![]() タイトル: The Structure of a Thermally Stable 3-Phosphoglycerate Kinase and a Comparison with its Mesophilic Equivalent 著者: Davies, G.J. / Gamblin, S.J. / Littlechild, J.A. / Watson, H.C. #2: ![]() タイトル: Purification, Crystallisation and Preliminary X-Ray Analysis of the 3-Phosphoglycerate Kinase from Bacillus Stearothermophilus 著者: Davies, G.J. / Gamblin, S.J. / Littlechild, J.A. / Watson, H.C. #3: ![]() タイトル: Sequence and Expression of the Gene Encoding 3-Phosphoglycerate Kinase from Bacillus Stearothermophilus 著者: Davies, G.J. / Littlechild, J.A. / Watson, H.C. / Hall, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 106.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 78.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 188 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42790.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P18912, phosphoglycerate kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.84 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.65 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 44754 / % possible obs: 94 % / Num. measured all: 119169 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Biso Wilson estimate: 19 Å2 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.65 Å / 最低解像度: 1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.156 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.65→10 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Num. reflection all: 44754 / Rfactor all: 0.156 / Rfactor Rwork: 0.156 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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