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万見
- PDB-1ph3: CRYSTAL STRUCTURE OF THE OXYTRICHA NOVA TELOMERE END-BINDING PROT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ph3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE OXYTRICHA NOVA TELOMERE END-BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH NONCOGNATE SSDNA GGGGTTTTGGTG
要素
  • (Telomere-binding protein ...) x 2
  • 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
  • 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*TP*G)-3'
キーワードDNA binding protein/DNA / SINGLE STRAND DNA BINDING PROTEIN / PROTEIN DNA INTERACTIONS / SEQUENCE SPECIFICITY / NONCOGNATE / OLIGONUCLEOTIDE AND OLIGOSACCHARIDE BINDING FOLD / OB FOLD / TELOMERES / PROTEIN/DNA / DNA binding protein-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


telomere cap complex / telomerase inhibitor activity / regulation of telomere maintenance via telomerase / telomere capping / single-stranded telomeric DNA binding / nuclear telomere cap complex / G-rich strand telomeric DNA binding / protein-containing complex / nucleus
類似検索 - 分子機能
Telomere-binding Protein Beta Subunit; Chain B / Telomere-binding Protein Beta Subunit; Chain / Telomere-binding protein subunit beta / Telomere-binding protein, beta subunit domain superfamily / Telomere-binding protein beta subunit (TEBP beta) / Telomere-binding protein, alpha subunit, Spirotrichea / : / Telomere end-binding protein alpha subunit OB2 domain / Protection of telomeres protein 1 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/Cdc13 ...Telomere-binding Protein Beta Subunit; Chain B / Telomere-binding Protein Beta Subunit; Chain / Telomere-binding protein subunit beta / Telomere-binding protein, beta subunit domain superfamily / Telomere-binding protein beta subunit (TEBP beta) / Telomere-binding protein, alpha subunit, Spirotrichea / : / Telomere end-binding protein alpha subunit OB2 domain / Protection of telomeres protein 1 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/Cdc13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Telomere-binding protein subunit beta / Telomere-binding protein subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Sterkiella nova (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Theobald, D.L. / Schultz, S.C.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Nucleotide Shuffling and ssDNA Recognition in Oxytricha Nova Telomere End-Binding Protein Complexes
著者: Theobald, D.L. / Schultz, S.C.
履歴
登録2003年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
D: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*TP*G)-3'
H: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'
A: Telomere-binding protein alpha subunit
B: Telomere-binding protein beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0399
ポリマ－88,9475
非ポリマー924
水9,062503
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.636, 93.636, 423.111
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-749-

HOH

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要素

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DNA鎖 , 2種, 3分子 GHD

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3'


分子量: 4109.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: CHAINS G AND H ARE A G-QUARTET LINKED DNA DIMER. 3' TERMINAL SINGLE STRAND DNA SEQUENCE OF MACRONUCLEAR TELOMERES.
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*TP*G)-3'


分子量: 3780.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: CHAIN D IS SINGLE STRAND DNA. 3' TERMINAL SINGLE STRAND DNA SEQUENCE OF MACRONUCLEAR TELOMERES, G TO T SUBSTITUTION.

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Telomere-binding protein ... , 2種, 2分子 AB

#3: タンパク質 Telomere-binding protein alpha subunit / Telomere-binding protein 56 kDa subunit / TEBP alpha


分子量: 52460.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ALANINE VERSION / 由来: (組換発現) Sterkiella nova (真核生物) / 遺伝子: MAC-56A AND MAC-56K AND MAC-56S / プラスミド: PKKT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P29549
#4: タンパク質 Telomere-binding protein beta subunit / Telomere-binding protein 41 kDa subunit / TEBP beta


分子量: 24487.682 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 9-224 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sterkiella nova (真核生物) / 遺伝子: MAC-41A AND MAC-41S / プラスミド: PKKT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P16458

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非ポリマー , 2種, 507分子

#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 503 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop contains the same amount of reservoir solution except 50mM NaCl
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.2 Malpha subunit1drop
450 mM1dropNaCl
55 mMTris-HCl1drop
60.1 mMEDTA1drop
70.02 %1dropNaN3
82 mMdithiothreitol1drop
930 %ethylene glycol1reservoir
2beta subunit1drop1.0-1.5 equivalents each of
3ssDNA1drop
103-8 %PEG40001reservoir
1140 mMMES1reservoir
120.02 %1reservoirNaN3
132 mMdithiothreitol1reservoir
1450 mM1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 83 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→24.82 Å / Num. all: 54758 / Num. obs: 49804 / Biso Wilson estimate: 24.7 Å2
反射
*PLUS
% possible obs: 99.3 % / Rmerge(I) obs: 0.056

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→24.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 298435.78 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 4954 9.9 %RANDOM
Rwork0.23 ---
all0.233 54758 --
obs0.23 49804 99.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.4121 Å2 / ksol: 0.314343 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.14 Å21.33 Å20 Å2
2--4.14 Å20 Å2
3----8.29 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5439 757 4 503 6703
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.431.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.362
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.842.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 811 10.1 %
Rwork0.311 7186 -
obs--98.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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