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万見
- PDB-1pgv: Structural Genomics of Caenorhabditis elegans: tropomodulin C-ter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pgv
タイトルStructural Genomics of Caenorhabditis elegans: tropomodulin C-terminal domain
要素tropomodulin TMD-1
キーワードPROTEIN BINDING / Structural genomics / tropomodulin / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG
機能・相同性
機能・相同性情報


muscle thin filament assembly / pointed-end actin filament capping / nematode larval development / myofibril assembly / terminal web / negative regulation of actin filament depolymerization / locomotion / embryo development ending in birth or egg hatching / sarcomere organization / myofibril ...muscle thin filament assembly / pointed-end actin filament capping / nematode larval development / myofibril assembly / terminal web / negative regulation of actin filament depolymerization / locomotion / embryo development ending in birth or egg hatching / sarcomere organization / myofibril / tropomyosin binding / striated muscle thin filament / actin filament organization / actin filament binding / cytoskeleton / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tropomodulin, invertebrate / Tropomodulin / Tropomodulin / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Symersky, J. / Lu, S. / Li, S. / Chen, L. / Meehan, E. / Luo, M. / Qiu, S. / Bunzel, R.J. / Luo, D. / Arabashi, A. ...Symersky, J. / Lu, S. / Li, S. / Chen, L. / Meehan, E. / Luo, M. / Qiu, S. / Bunzel, R.J. / Luo, D. / Arabashi, A. / Nagy, L.A. / Lin, G. / Luan, W.C.-H. / Carson, M. / Gray, R. / Huang, W. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: Structural genomics of Caenorhabditis elegans: crystal structure of the tropomodulin C-terminal domain
著者: Lu, S. / Symersky, J. / Li, S. / Carson, M. / Chen, L. / Meehan, E. / Luo, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Purification, nanocrystallization and preliminary X_ray analysis of a C_terminal part of tropomodulin protein 1, isoform a, from Caenorhabditis elegans
著者: Ding, H. / Qiu, S. / Bunzel, R.J. / Luo, D. / Arabashi, A. / Lu, S. / Symersky, J. / Nagy, L.A. / Delucas, L.J. / Li, S. / Luo, M.
#2: ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the C-terminal half of tropomodulin and structural basis of actin filament pointed-end capping
著者: Krieger, I. / Kostyukova, A. / Yamashita, A. / Nitanai, Y. / Maeda, Y.
履歴
登録2003年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tropomodulin TMD-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3891
ポリマ－22,3891
非ポリマー00
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.706, 50.621, 107.132
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 tropomodulin TMD-1 / tmd-1 / Tropomodulin protein 1 / isoform a


分子量: 22389.314 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)plySs / 参照: UniProt: O01479
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: RESERVOIR: 28% PEG400, 0.1 M KCL, 10 MM MGCL2, 0.1 M TRIS, PH 8. PROTEIN SOLUTION: 13.7 MG/ML IN 10 MM HEPES, PH 7.5. DROPS: 1 MICROLITER RESERVOIR + 1 MICROLITER PROTEIN SOLUTION. VAPOR ...詳細: RESERVOIR: 28% PEG400, 0.1 M KCL, 10 MM MGCL2, 0.1 M TRIS, PH 8. PROTEIN SOLUTION: 13.7 MG/ML IN 10 MM HEPES, PH 7.5. DROPS: 1 MICROLITER RESERVOIR + 1 MICROLITER PROTEIN SOLUTION. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Ding, H., (2003) Acta Crystallogr.,Sect.D, 59, 1106.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mMHEPES1drop
20.01 %sodium azide1droppH7.5
313.7 mg/mlprotein1drop
428.0 %(v/v)PEG4001reservoir
5100 mM1reservoirKCl
610 mM1reservoirMgCl2
7100 mMTris-HCl1reservoirpH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 16153 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 24.3 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1421 / Rsym value: 0.243 / % possible all: 85.3
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 16189 / % possible obs: 96.7 % / Num. measured all: 142014 / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / % possible obs: 85.3 % / Rmerge(I) obs: 0.243

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CNS精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1IO0

1io0


解像度: 1.8→50 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff high rms absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 786 4.9 %random
Rwork0.209 ---
all-16153 --
obs-16153 96.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.83 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.5 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1343 0 0 131 1474
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2031.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.752
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.472
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.8092.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / Total num. of bins used: 15 /
Rfactor反射数
Rfree0.31 47
Rwork0.279 -
obs-857
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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