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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pgv | ||||||
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タイトル | Structural Genomics of Caenorhabditis elegans: tropomodulin C-terminal domain | ||||||
![]() | tropomodulin TMD-1 | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / Structural genomics / tropomodulin / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG | ||||||
機能・相同性 | ![]() muscle thin filament assembly / pointed-end actin filament capping / nematode larval development / myofibril assembly / terminal web / negative regulation of actin filament depolymerization / locomotion / embryo development ending in birth or egg hatching / sarcomere organization / myofibril ...muscle thin filament assembly / pointed-end actin filament capping / nematode larval development / myofibril assembly / terminal web / negative regulation of actin filament depolymerization / locomotion / embryo development ending in birth or egg hatching / sarcomere organization / myofibril / tropomyosin binding / striated muscle thin filament / actin filament organization / actin filament binding / cytoskeleton / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Symersky, J. / Lu, S. / Li, S. / Chen, L. / Meehan, E. / Luo, M. / Qiu, S. / Bunzel, R.J. / Luo, D. / Arabashi, A. ...Symersky, J. / Lu, S. / Li, S. / Chen, L. / Meehan, E. / Luo, M. / Qiu, S. / Bunzel, R.J. / Luo, D. / Arabashi, A. / Nagy, L.A. / Lin, G. / Luan, W.C.-H. / Carson, M. / Gray, R. / Huang, W. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural genomics of Caenorhabditis elegans: crystal structure of the tropomodulin C-terminal domain 著者: Lu, S. / Symersky, J. / Li, S. / Carson, M. / Chen, L. / Meehan, E. / Luo, M. #1: ![]() タイトル: Purification, nanocrystallization and preliminary X_ray analysis of a C_terminal part of tropomodulin protein 1, isoform a, from Caenorhabditis elegans 著者: Ding, H. / Qiu, S. / Bunzel, R.J. / Luo, D. / Arabashi, A. / Lu, S. / Symersky, J. / Nagy, L.A. / Delucas, L.J. / Li, S. / Luo, M. #2: ![]() タイトル: Crystal structure of the C-terminal half of tropomodulin and structural basis of actin filament pointed-end capping 著者: Krieger, I. / Kostyukova, A. / Yamashita, A. / Nitanai, Y. / Maeda, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1io0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22389.314 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pET28b / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: RESERVOIR: 28% PEG400, 0.1 M KCL, 10 MM MGCL2, 0.1 M TRIS, PH 8. PROTEIN SOLUTION: 13.7 MG/ML IN 10 MM HEPES, PH 7.5. DROPS: 1 MICROLITER RESERVOIR + 1 MICROLITER PROTEIN SOLUTION. VAPOR ...詳細: RESERVOIR: 28% PEG400, 0.1 M KCL, 10 MM MGCL2, 0.1 M TRIS, PH 8. PROTEIN SOLUTION: 13.7 MG/ML IN 10 MM HEPES, PH 7.5. DROPS: 1 MICROLITER RESERVOIR + 1 MICROLITER PROTEIN SOLUTION. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 277 K / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Ding, H., (2003) Acta Crystallogr.,Sect.D, 59, 1106. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.984 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 16153 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 24.3 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1421 / Rsym value: 0.243 / % possible all: 85.3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 16189 / % possible obs: 96.7 % / Num. measured all: 142014 / Rmerge(I) obs: 0.064 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / % possible obs: 85.3 % / Rmerge(I) obs: 0.243 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1IO0 解像度: 1.8→50 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff high rms absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.83 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.21 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.13 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / Total num. of bins used: 15 /
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |