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- PDB-1pgs: THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF PNGASE F, A GLYCOSYLASPARAGINA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pgs
タイトルTHE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF PNGASE F, A GLYCOSYLASPARAGINASE FROM FLAVOBACTERIUM MENINGOSEPTICUM
要素PEPTIDE-N(4)-(N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINYL)ASPARAGINE AMIDASE F
キーワードENDOGLYCOSIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced ascorbate as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase / peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase activity
類似検索 - 分子機能
: / Peptide-N-glycosidase F, C-terminal / Peptide-N-glycosidase F, N terminal / Peptide-N-glycosidase F, C terminal / Jelly Rolls - #230 / PHM/PNGase F domain superfamily / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase-like, C-terminal / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptide-N(4)-(N-acetyl-beta-D-glucosaminyl)asparagine amidase F
類似検索 - 構成要素
生物種Elizabethkingia meningoseptica (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Norris, G.E. / Stillman, T.J. / Anderson, B.F. / Baker, E.N.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: The three-dimensional structure of PNGase F, a glycosylasparaginase from Flavobacterium meningosepticum.
著者: Norris, G.E. / Stillman, T.J. / Anderson, B.F. / Baker, E.N.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Peptide-N(4)-(N-Acetyl-Beta-D-Glucosaminyl)Asparagine Amidase F at 2.2 Angstroms Resolution
著者: Kuhn, P. / Tarantino, A.L. / Plummer Junior, T.H. / Van Roey, P.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994
タイトル: Purification and Crystallization of the Endoglycosidase Pgnase F, a Peptide:N-Glycosidase from Flavobacterium Meningosepticum
著者: Norris, G.E. / Flaus, A.J. / Moore, C.H. / Baker, E.N.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: Cloning and Expression of Peptide-N4-(N-Acetyl-Beta-D-Glucosaminyl)Asparagine Amidase F in Escherichia Coli
著者: Barsomian, G.D. / Johnson, T.L. / Borowski, M. / Denman, J. / Ollington, J.F. / Hirani, S. / Mcneilly, D.S. / Rasmussen, J.R.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: Molecular Cloning and Amino Acid Sequence of Peptide-N4-(N-Acetyl-Beta-D-Glucosaminyl)Asparagine Amidase from Flavobacterium Meningosepticum
著者: Tarentino, A.L. / Quinones, G. / Trumble, A. / Changchien, L.M. / Duceman, B. / Maley, F. / Plummer Junior, T.H.
履歴
登録1994年10月6日処理サイト: BNL
改定 1.01995年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEPTIDE-N(4)-(N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINYL)ASPARAGINE AMIDASE F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8461
ポリマ－34,8461
非ポリマー00
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.070, 85.140, 48.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 196
2: CYS 204 - ALA 205 OMEGA = 5.63 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
3: CIS PROLINE - PRO 241
4: RESIDUE TRP 86 IS THE CENTRAL RESIDUE OF CLASSICAL GAMMA TURN (PHI = 63, PSI = -42).
5: RESIDUES CYS 231 - THR 245 FORM A WIDE OMEGA LOOP.

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要素

#1: タンパク質 PEPTIDE-N(4)-(N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINYL)ASPARAGINE AMIDASE F


分子量: 34845.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Elizabethkingia meningoseptica (バクテリア)
参照: UniProt: P21163, peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細RESIDUE TRP 86 IS THE CENTRAL RESIDUE OF CLASSICAL GAMMA TURN (PHI = 63, PSI = -42). RESIDUES CYS ...RESIDUE TRP 86 IS THE CENTRAL RESIDUE OF CLASSICAL GAMMA TURN (PHI = 63, PSI = -42). RESIDUES CYS 231 - THR 245 FORM A WIDE OMEGA LOOP.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化
*PLUS
pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
20.1 MTris-HCl1drop
312 %PEG40001drop
40.1 MTris-HCl1reservoir
518 %(w/v)PEG40001reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 28025 / % possible obs: 84.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / Num. measured all: 143717 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 65 %

-
解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.8→20 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
obs0.168 27995
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2437 0 0 230 2667
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 27995 / Rfactor all: 0.168
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 19.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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