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- PDB-1pgl: BEAN POD MOTTLE VIRUS (BPMV), MIDDLE COMPONENT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pgl
タイトルBEAN POD MOTTLE VIRUS (BPMV), MIDDLE COMPONENT
要素
  • 5'-R(*AP*GP*UP*CP*UP*C)-3'
  • BEAN POD MOTTLE VIRUS LARGE (L) SUBUNIT
  • BEAN POD MOTTLE VIRUS SMALL (S) SUBUNIT
キーワードVirus/RNA / COMOVIRUS / VIRUS / VIRAL COAT PROTEIN / BEAN POD MOTTLE VIRUS (BPMV) / Icosahedral virus / Virus-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


transport of virus in host, cell to cell / host cell plasmodesma / T=3 icosahedral viral capsid / virus-mediated perturbation of host defense response / GTP binding / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Large coat protein / RNA2 polyprotein / Large coat protein / Small coat protein / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA2 polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Bean-pod mottle virus
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lin, T. / Cavarelli, J. / Johnson, J.E.
引用
ジャーナル: Virology / 年: 2003
タイトル: Evidence for assembly-dependent folding of protein and RNA in an icosahedral virus.
著者: Lin, T. / Cavarelli, J. / Johnson, J.E.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1989
タイトル: Protein-/RNA Interactions in an Icosahedral Virus at 3.0 Angstroms Resolution
著者: Chen, Z. / Stauffacher, C. / Li, Y. / Schmidt, T. / Bomu, W. / Kamer, G. / Shanks, M. / Lomonossoff, G. / Johnson, J.E.
履歴
登録2003年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
3: 5'-R(*AP*GP*UP*CP*UP*C)-3'
1: BEAN POD MOTTLE VIRUS SMALL (S) SUBUNIT
2: BEAN POD MOTTLE VIRUS LARGE (L) SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2753
ポリマ－63,2753
非ポリマー00
水3,441191
1
3: 5'-R(*AP*GP*UP*CP*UP*C)-3'
1: BEAN POD MOTTLE VIRUS SMALL (S) SUBUNIT
2: BEAN POD MOTTLE VIRUS LARGE (L) SUBUNIT
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,796,473180
ポリマ－3,796,473180
非ポリマー00
水3,243180
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
3: 5'-R(*AP*GP*UP*CP*UP*C)-3'
1: BEAN POD MOTTLE VIRUS SMALL (S) SUBUNIT
2: BEAN POD MOTTLE VIRUS LARGE (L) SUBUNIT
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 316 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)316,37315
ポリマ－316,37315
非ポリマー00
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
3: 5'-R(*AP*GP*UP*CP*UP*C)-3'
1: BEAN POD MOTTLE VIRUS SMALL (S) SUBUNIT
2: BEAN POD MOTTLE VIRUS LARGE (L) SUBUNIT
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 380 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)379,64718
ポリマ－379,64718
非ポリマー00
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
3: 5'-R(*AP*GP*UP*CP*UP*C)-3'
1: BEAN POD MOTTLE VIRUS SMALL (S) SUBUNIT
2: BEAN POD MOTTLE VIRUS LARGE (L) SUBUNIT
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.9 MDa, 90 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,898,23690
ポリマ－1,898,23690
非ポリマー00
水1,62190
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)311.200, 284.200, 350.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.30901699, -0.87337965, 0.37645249), (0.87337965, 0.41727875, 0.25117011), (-0.37645249, 0.25117011, 0.89173825)53.65068, -67.81269, 29.22928
3generate(-0.80901699, -0.53977831, 0.23266043), (0.53977831, -0.52558404, 0.65757189), (-0.23266043, 0.65757189, 0.71656705)140.45932, -41.91055, 18.06469
4generate(-0.80901699, 0.53977831, -0.23266043), (-0.53977831, -0.52558404, 0.65757189), (0.23266043, 0.65757189, 0.71656705)140.45932, 41.91055, -18.06469
5generate(0.30901699, 0.87337965, -0.37645249), (-0.87337965, 0.41727875, 0.25117011), (0.37645249, 0.25117011, 0.89173825)53.65068, 67.81269, -29.22928
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14generate(-0.5, 0.18751829, 0.84548027), (-0.18751829, 0.92967378, -0.31708602), (-0.84548027, -0.31708602, -0.42967378)116.466, 14.55967, 65.64647
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21generate(0.98927233, 0.14608306), (0.14608306, 0.14451593, -0.97865974), (-0.98927233, 0.02134026, -0.14451593)77.644, -11.34247, 76.81106
22generate(0.80901699, 0.44949402, 0.37874349), (0.53977831, -0.31309262, -0.78141691), (-0.23266043, 0.83661708, -0.49592437)14.82868, -41.91055, 18.06469
23generate(0.5, -0.42388564, 0.75519598), (0.18751829, -0.79834686, -0.57225796), (0.84548027, 0.42774204, -0.31968712)38.822, -14.55967, -65.64647
24generate(-0.5, -0.42388564, 0.75519598), (-0.42388564, -0.64064193, -0.64023346), (0.75519598, -0.64023346, 0.14064193)116.466, 32.91218, -58.63644
25generate(-0.80901699, 0.44949402, 0.37874349), (-0.44949402, -0.05792068, -0.89140357), (-0.37874349, -0.89140357, 0.24890369)140.45932, 34.90051, 29.40716
26generate(-0.5, 0.42388564, -0.75519598), (-0.42388564, 0.64064193, 0.64023346), (0.75519598, 0.64023346, -0.14064193)116.466, 32.91218, -58.63644
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30generate(-0.80901699, -0.44949402, -0.37874349), (-0.44949402, 0.05792068, 0.89140357), (-0.37874349, 0.89140357, -0.24890369)140.45932, 34.90051, 29.40716

-
要素

#1: RNA鎖 5'-R(*AP*GP*UP*CP*UP*C)-3'


分子量: 1852.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 BEAN POD MOTTLE VIRUS SMALL (S) SUBUNIT / BPMV / GENOME POLYPROTEIN M [CONTAINS: COAT PROTEIN VP37 / COAT PROTEIN VP23]


分子量: 20638.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bean-pod mottle virus (strain Kentucky G7) (ウイルス)
属: Comovirus / 生物種: Bean pod mottle virus / 株: Kentucky G7 / 参照: UniProt: P23009
#3: タンパク質 BEAN POD MOTTLE VIRUS LARGE (L) SUBUNIT / BPMV / GENOME POLYPROTEIN M [CONTAINS: COAT PROTEIN VP37 / COAT PROTEIN VP23]


分子量: 40784.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bean-pod mottle virus (strain Kentucky G7) (ウイルス)
属: Comovirus / 生物種: Bean pod mottle virus / 株: Kentucky G7 / 参照: UniProt: P23009
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶化pH: 7
詳細: PEG 8000, POTASIUM PHOSPHATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7.00
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 800011
2POTASIUM PHOSPHATE11
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: Chen, Z., (1989) Science, 245, 154.
溶液の組成
*PLUS
IDCrystal-ID
11
21

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 1.566
検出器タイプ: KODAK / 検出器: FILM / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.566 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 577990 / % possible obs: 76.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 22 Å2
反射 シェル解像度: 2.8→2.92 Å / % possible all: 37.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 577995 / Rmerge(I) obs: 0.096

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MGROSCデータ収集
MGROSCデータ削減
X-PLOR3.851精密化
MGROSCデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: COWPEA MOSAIC VIRUS

解像度: 2.8→10 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rwork0.196 --
obs0.196 562649 76.4 %
原子変位パラメータBiso mean: 17.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å / Luzzati d res low obs: 10 Å / Luzzati sigma a obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4303 122 0 191 4616
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.42
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.92 Å / Total num. of bins used: 6 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.305 34388 -
obs--40.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 10 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.81
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.04
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.44

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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