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- PDB-1pgg: PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-1 COMPLEXED WITH 1-(4-IODOBENZOYL)-5-ME... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pgg
タイトルPROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-1 COMPLEXED WITH 1-(4-IODOBENZOYL)-5-METHOXY-2-METHYLINDOLE-3-ACETIC ACID (IODOINDOMETHACIN), TRANS MODEL
要素PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-1
キーワードOXIDOREDUCTASE / DIOXYGENASE / PEROXIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / cyclooxygenase pathway / prostaglandin biosynthetic process / regulation of blood pressure / peroxidase activity / response to oxidative stress / neuron projection / intracellular membrane-bounded organelle ...prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / cyclooxygenase pathway / prostaglandin biosynthetic process / regulation of blood pressure / peroxidase activity / response to oxidative stress / neuron projection / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / EGF-like domain / Haem peroxidase superfamily / EGF-like domain profile. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-IMM / : / Prostaglandin G/H synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Loll, P.J. / Picot, D. / Garavito, R.M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Synthesis and use of iodinated nonsteroidal antiinflammatory drug analogs as crystallographic probes of the prostaglandin H2 synthase cyclooxygenase active site.
著者: Loll, P.J. / Picot, D. / Ekabo, O. / Garavito, R.M.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: The Structural Basis of Aspirin Activity Inferred from the Crystal Structure of Inactivated Prostaglandin H2 Synthase
著者: Loll, P.J. / Picot, D. / Garavito, R.M.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: The X-Ray Crystal Structure of the Membrane Protein Prostaglandin H2 Synthase-1
著者: Picot, D. / Loll, P.J. / Garavito, R.M.
履歴
登録1995年12月2日処理サイト: BNL
改定 1.01997年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-1
B: PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,19512
ポリマ－132,3302
非ポリマー3,86510
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11300 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area40900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.220, 208.990, 232.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.995539, -0.058457, 0.074057), (-0.058971, -0.227185, -0.972064), (0.073648, -0.972095, 0.222725)
ベクター: 82.149, 233.85699, 180.989)

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要素

#1: タンパク質 PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-1 / CYCLOOXYGENASE I


分子量: 66164.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / Organelle: SEMINAL VESICLE
参照: PIR: A29947, UniProt: P05979*PLUS, prostaglandin-endoperoxide synthase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物 ChemComp-IMM / 1-(4-IODOBENZOYL)-5-METHOXY-2-METHYL INDOLE-3-ACETIC ACID / ヨ-ドインドメタシン


分子量: 449.239 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16INO4
配列の詳細THIS SEQUENCE IS FOUND IN ENTRY 1PRH. THE NUMBERING IS DERIVED FROM THE PRE-PROTEIN, WHICH CONTAINS ...THIS SEQUENCE IS FOUND IN ENTRY 1PRH. THE NUMBERING IS DERIVED FROM THE PRE-PROTEIN, WHICH CONTAINS A 24-RESIDUE SIGNAL SEQUENCE WHICH IS CLEAVED DURING MATURATION. NOTE THAT THE FOLLOWING SEQUENCE CORRESPONDS ONLY TO THE RESIDUES SEEN IN THE EXPERIMENTAL ELECTRON DENSITY MAP, AND COMMENCES AT RESIDUE 33

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 %
結晶化
*PLUS
手法: other
詳細: Garavito, R.M., (1995) J. Biomembr. Bioenerg., 28, 13.

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1994年12月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→50 Å / Num. obs: 11169 / % possible obs: 79.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.102
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Num. measured all: 15439

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MADNESデータ収集
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
MADNESデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 4.5→8 Å / σ(F): 1
詳細: THE STARTING MODEL FOR THIS REFINEMENT WAS THE 3.1 ANGSTROM REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF THE PROSTAGLANDIN SYNTHASE-FLURBIPROFEN COMPLEX, FOR WHICH INDIVIDUAL ISOTROPIC ATOMIC TEMPERATURE ...詳細: THE STARTING MODEL FOR THIS REFINEMENT WAS THE 3.1 ANGSTROM REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF THE PROSTAGLANDIN SYNTHASE-FLURBIPROFEN COMPLEX, FOR WHICH INDIVIDUAL ISOTROPIC ATOMIC TEMPERATURE FACTORS WERE REFINED. THESE B-VALUES WERE USED FOR THIS STRUCTURE WITHOUT FURTHER REFINEMENT. THE LOW RESOLUTION OF THE IODOINDOMETHACIN COMPLEX STRUCTURE PRECLUDED REFINEMENT OF ALL ATOMIC POSITIONS. RATHER, THE TWO HALVES OF THE DIMER WERE SUBJECTED TO RIGID BODY REFINEMENT, SUBJECT TO NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY CONSTRAINTS. THE DRUG WAS THEN PLACED IN THE ACTIVE SITE, WHERE CLEAR ELECTRON DENSITY WAS SEEN FOR FOR THE IODINE ATOM ONLY. THE REMAINDER OF THE DRUG WAS CONSTRUCTED BY MODEL-BUILDING AND ITS POSITION REFINED BY RIGID BODY METHODS. THE EXPERIMENTAL ELECTRON DENSITY DOES NOT ALLOW FOR UNAMBIGUOUS POSITIONING OF THE LIGHT ATOMS OF THE INHIBITOR. AFTER RIGID BODY MINIMIZATION, THE STRUCTURE WAS FURTHER REFINED BY ALLOWING ONLY THOSE ATOMS WITHIN AN 8 ANGSTROM SPHERE CENTERED ON ON THE INHIBITOR TO MOVE. TWO POSSIBLE CONFORMATIONS OF THE DRUG WERE FOUND, BOTH OF WHICH WERE CONSISTENT WITH THE OBSERVED HEAVY ATOM DENSITY; THESE CORRESPOND TO THE CIS AND TRANS ROTATIONAL CONFORMERS OF THE DRUG. THIS FILE SHOWS THE RESULTS OF THE REFINEMENT OF THE TRANS MODEL.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 945 10 %
Rwork0.254 --
obs0.254 8235 79.2 %
原子変位パラメータBiso mean: 22.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8954 0 248 0 9202
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.99
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.73
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.264
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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