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万見
- PDB-1pfl: REFINED SOLUTION STRUCTURE OF HUMAN PROFILIN I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pfl
タイトルREFINED SOLUTION STRUCTURE OF HUMAN PROFILIN I
要素PROFILIN I
キーワードREGULATORY PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


synapse maturation / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / adenyl-nucleotide exchange factor activity / negative regulation of actin filament bundle assembly / positive regulation of actin filament bundle assembly / negative regulation of actin filament polymerization / regulation of actin filament polymerization / Signaling by ROBO receptors / positive regulation of ATP-dependent activity / proline-rich region binding ...synapse maturation / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / adenyl-nucleotide exchange factor activity / negative regulation of actin filament bundle assembly / positive regulation of actin filament bundle assembly / negative regulation of actin filament polymerization / regulation of actin filament polymerization / Signaling by ROBO receptors / positive regulation of ATP-dependent activity / proline-rich region binding / PCP/CE pathway / positive regulation of ruffle assembly / negative regulation of stress fiber assembly / positive regulation of actin filament polymerization / actin monomer binding / positive regulation of epithelial cell migration / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / phosphotyrosine residue binding / neural tube closure / RHO GTPases Activate Formins / modulation of chemical synaptic transmission / small GTPase binding / Platelet degranulation / actin binding / actin cytoskeleton organization / cell cortex / blood microparticle / cytoskeleton / protein stabilization / cadherin binding / focal adhesion / regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / RNA binding / extracellular exosome / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Profilin1/2/3, vertebrate / Profilin conserved site / Profilin signature. / Profilin / Profilin / : / Profilin / Profilin superfamily / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Beta-Lactamase ...Profilin1/2/3, vertebrate / Profilin conserved site / Profilin signature. / Profilin / Profilin / : / Profilin / Profilin superfamily / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Metzler, W.J. / Farmer II, B.T. / Constantine, K.L. / Friedrichs, M.S. / Lavoie, T. / Mueller, L.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995
タイトル: Refined solution structure of human profilin I.
著者: Metzler, W.J. / Farmer 2nd., B.T. / Constantine, K.L. / Friedrichs, M.S. / Lavoie, T. / Mueller, L.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994
タイトル: Identification of the Poly-L-Proline-Binding Site on Human Profilin
著者: Metzler, W.J. / Bell, A.J. / Ernst, E. / Lavoie, T.B. / Mueller, L.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Characterization of the Three-Dimensional Solution Structure of Human Profilin: 1H, 13C, and 15N NMR Assignments and Global Folding Pattern
著者: Metzler, W.J. / Constantine, K.L. / Friedrichs, M.S. / Bell, A.J. / Ernst, E.G. / Lavoie, T.B. / Mueller, L.
#3: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1993
タイトル: Relaxation Study of the Backbone Dynamics of Human Profilin by Two-Dimensional 1H-15N NMR
著者: Constantine, K.L. / Friedrichs, M.S. / Bell, A.J. / Lavoie, T.B. / Mueller, L. / Metzler, W.J.
履歴
登録1994年12月12日処理サイト: BNL
改定 1.01995年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROFILIN I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9401
ポリマ－14,9401
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Atom site foot note1: THE BACKBONE CONFORMATIONS OF THE FIRST TWO RESIDUES ARE NOT WELL CONSTRAINED BY THE NMR DATA.
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PROFILIN I


分子量: 14940.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: BL-21 / 遺伝子: HUMAN PROFILIN CDNA
プラスミド: PGPR-HUI (GENE IS UNDER CONTROL OF TRC PROMOT
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07737

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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