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- PDB-1pfk: CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF PHOSPHOFRUCTOKINASE FROM ESCH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pfk
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF PHOSPHOFRUCTOKINASE FROM ESCHERICHIA COLI WITH ITS REACTION PRODUCTS
要素PHOSPHOFRUCTOKINASE
キーワードTRANSFERASE(PHOSPHOTRANSFERASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / ribonucleotide binding / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / glucose catabolic process / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / glycolytic process ...6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / ribonucleotide binding / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / glucose catabolic process / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / glycolytic process / GDP binding / protein homotetramerization / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent 6-phosphofructokinase, prokaryotic-type / ATP-dependent 6-phosphofructokinase, prokaryotic / Phosphofructokinase domain / Phosphofructokinase, conserved site / Phosphofructokinase signature. / Phosphofructokinase domain / ATP-dependent 6-phosphofructokinase / Phosphofructokinase superfamily / Phosphofructokinase / Rossmann fold - #450 ...ATP-dependent 6-phosphofructokinase, prokaryotic-type / ATP-dependent 6-phosphofructokinase, prokaryotic / Phosphofructokinase domain / Phosphofructokinase, conserved site / Phosphofructokinase signature. / Phosphofructokinase domain / ATP-dependent 6-phosphofructokinase / Phosphofructokinase superfamily / Phosphofructokinase / Rossmann fold - #450 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / ATP-dependent 6-phosphofructokinase isozyme 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Shirakihara, Y. / Evans, P.R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Crystal structure of the complex of phosphofructokinase from Escherichia coli with its reaction products.
著者: Shirakihara, Y. / Evans, P.R.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Crystal Structure of Unliganded Phosphofructokinase from Escherichia Coli
著者: Rypniewski, W.R. / Evans, P.R.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986
タイトル: Crystallographic Structure of Allosterically Inhibited Phosphofructokinase at 7 Angstroms Resolution
著者: Evans, P.R. / Farrants, G.W. / Lawrence, M.C.
#3: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1985
タイトル: Nucleotide Sequence and High-Level Expression of the Major Escherichia Coli Phosphofructokinase
著者: Hellinga, H.W. / Evans, P.R.
#4: ジャーナル: Philos.Trans.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1981
タイトル: Phosphofructokinase. Structure and Control
著者: Evans, P.R. / Farrants, G.W. / Hudson, P.J.
#5: ジャーナル: Nature / 年: 1979
タイトル: Structure and Control of Phosphofructokinase from Bacillus Stearothermophilus
著者: Evans, P.R. / Hudson, P.J.
#6: ジャーナル: Proc.FEBS Meet. / 年: 1978
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Phosphofructokinase from Bacillus Stearothermophilus
著者: Evans, P.R. / Hudson, P.J.
履歴
登録1988年1月25日処理サイト: BNL
改定 1.01989年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOFRUCTOKINASE
B: PHOSPHOFRUCTOKINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,25612
ポリマ－69,7702
非ポリマー2,48610
水4,990277
1
A: PHOSPHOFRUCTOKINASE
B: PHOSPHOFRUCTOKINASE
ヘテロ分子

A: PHOSPHOFRUCTOKINASE
B: PHOSPHOFRUCTOKINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,51324
ポリマ－139,5404
非ポリマー4,97320
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area23490 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area41100 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)112.300, 85.400, 77.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given / Matrix: (0.54287, 0.83982), (0.83982, -0.54287), (-1) / ベクター: -5.4269)
詳細THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO SUBUNITS OF THE TETRAMER. THESE SUBUNITS HAVE BEEN ASSIGNED CHAIN IDENTIFIERS *A* AND *B* AND HAVE DIFFERENT CONFORMATIONS. CHAIN A IS A *CLOSED* SUBUNIT WITH THE MG++ ION BRIDGING THE TWO PRODUCTS. CHAIN B IS AN *OPEN* SUBUNIT WITH THE MG++ BOUND TO ADP ONLY. THERE ARE TWO WATER CHAINS, ONE CORRESPONDING TO EACH SUBUNIT, AND EQUIVALENT WATER MOLECULES IN EACH CHAIN HAVE BEEN ASSIGNED THE SAME RESIDUE NUMBER. THE TETRAMER CAN BE COMPLETED FROM THE DIMER IN THIS ENTRY BY ROTATING 180 DEGREES ABOUT Z (I.E. -X, -Y, Z). THE STORED ORTHOGONAL CRYSTALLOGRAPHIC COORDINATES IN THIS ENTRY MAY BE CONVERTED TO THE MOLECULAR PQR FRAME (WITH THE MOLECULAR DIADS ALONG P,Q,R) BY THE TRANSFORMATION 0.87831 0.47808 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 -1.00000 -2.71300 -0.47808 0.87831 0.00000 0.00000 THE TRANSFORMATION SPECIFIED ON THE *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE B CHAIN WHEN APPLIED TO THE A CHAIN. IT WILL ALSO YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE A CHAIN WHEN APPLIED TO THE B CHAIN.

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOFRUCTOKINASE


分子量: 34885.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞株: 293 / 株 (発現宿主): 293 / 参照: UniProt: P0A796, 6-phosphofructokinase
#2: 糖 ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O12P2
識別子タイププログラム
b-D-Fruf1PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細ADP A 324 AND ADP B 324 ARE THE PRODUCTS OF THE CATALYTIC REACTION ATP + F6P --> ADP + F-1,6-DP. ...ADP A 324 AND ADP B 324 ARE THE PRODUCTS OF THE CATALYTIC REACTION ATP + F6P --> ADP + F-1,6-DP. ADP A 326 AND ADP B 326 ARE THE ALLOSTERIC ACTIVATORS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.56 %
結晶化
*PLUS
手法: batch method / pH: 8.3
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
5100 mMTris-HCl11
14 mg/mlprotein11
65 mM11Mgcl2
250 %(v/v)MPD11
30.2 mMfructose 6-pfosphate11
47.5 mMADP11
72.4 mMdithiothreitol11
82.4 mMEDTA11

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. obs: 27155 / % possible obs: 74 % / Num. measured all: 93331 / Rmerge(I) obs: 0.133

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.4→100 Å / Rfactor obs: 0.165
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4866 0 152 277 5295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 27127 / Rfactor obs: 0.165
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.050.03
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.020.007
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.150.105
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it32
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it32.7
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it53.3
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it54.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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