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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pey | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Response Regulator Spo0F complexed with Mn2+ | ||||||
![]() | Sporulation initiation phosphotransferase F | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Cation Binding / (alpha/beta) protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() 転移酵素; リンを含む基を移すもの / sporulation resulting in formation of a cellular spore / phosphorelay signal transduction system / kinase activity / phosphorylation / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mukhopadhyay, D. / Sen, U. / Zapf, J. / Varughese, K.I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Metals in the sporulation phosphorelay: manganese binding by the response regulator Spo0F. 著者: Mukhopadhyay, D. / Sen, U. / Zapf, J. / Varughese, K.I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 86.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 455 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14168.564 Da / 分子数: 3 / 変異: Y13S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P06628, 転移酵素; リンを含む基を移すもの #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.97 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: PEG300, Glycerol, manganese chloride, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年12月15日 |
放射 | モノクロメーター: Confocal Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 21432 / Num. obs: 20821 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 50 Å2 / Rsym value: 0.052 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.39 Å / % possible all: 92.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.405 Å | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→50 Å
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拘束条件 |
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