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万見
- PDB-1peg: Structural basis for the product specificity of histone lysine me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1peg
タイトルStructural basis for the product specificity of histone lysine methyltransferases
要素
  • Histone H3
  • histone H3 methyltransferase DIM-5
キーワードTRANSFERASE / Ternary structure of DIM-5 / a SUV39-type histone-H3 Lys-9 methyltransferase / SET domain protein forms a knot-like substructure / pre-SET triangular Zn3Cys9 zinc cluster / post-SET zinc-binding site / a hybrid beta sheet formed by DIM-5 and H3 tail
機能・相同性
機能・相同性情報


chromatin organization => GO:0006325 / [histone H3]-lysine9 N-trimethyltransferase / histone H3K9 trimethyltransferase activity / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication ...chromatin organization => GO:0006325 / [histone H3]-lysine9 N-trimethyltransferase / histone H3K9 trimethyltransferase activity / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / replication fork protection complex / Oxidative Stress Induced Senescence / histone methyltransferase activity / RNA Polymerase I Promoter Escape / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / rRNA transcription / Chromatin modifying enzymes / CENP-A containing nucleosome / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / epigenetic regulation of gene expression / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / HDMs demethylate histones / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Meiotic recombination / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / RMTs methylate histone arginines / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromosome / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / chromatin organization / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / double-stranded DNA binding / Oxidative Stress Induced Senescence / methylation / gene expression / Estrogen-dependent gene expression / cadherin binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Pre-SET motif / Pre-SET domain / Pre-SET domain profile. / N-terminal to some SET domains / Beta-clip-like / SET domain / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain ...: / Pre-SET motif / Pre-SET domain / Pre-SET domain profile. / N-terminal to some SET domains / Beta-clip-like / SET domain / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain profile. / SET domain superfamily / SET domain / Beta Complex / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Histone H3 / Histone H3.1 / Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific dim-5
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Zhang, X. / Yang, Z. / Khan, S.I. / Horton, J.R. / Tamaru, H. / Selker, E.U. / Cheng, X.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003
タイトル: Structural basis for the product specificity of histone lysine methyltransferases
著者: Zhang, X. / Yang, Z. / Khan, S.I. / Horton, J.R. / Tamaru, H. / Selker, E.U. / Cheng, X.
履歴
登録2003年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: histone H3 methyltransferase DIM-5
P: Histone H3
B: histone H3 methyltransferase DIM-5
Q: Histone H3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,64714
ポリマ－71,3554
非ポリマー1,29210
水00
1
A: histone H3 methyltransferase DIM-5
P: Histone H3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3237
ポリマ－35,6772
非ポリマー6465
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: histone H3 methyltransferase DIM-5
Q: Histone H3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3237
ポリマ－35,6772
非ポリマー6465
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area13190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.260, 94.170, 114.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 histone H3 methyltransferase DIM-5


分子量: 34111.551 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 17-318 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / プラスミド: pXC379 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon plus RIL (Stratagene) / キーワード: wild-type DIM-5 / 参照: UniProt: Q8X225, histone-lysine N-methyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3


分子量: 1565.797 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-15 / 由来タイプ: 合成
詳細: The histone H3 peptide (N-terminal residues 1-15) is synthesized.
参照: UniProt: P02303, UniProt: P68431*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.36 %
結晶化温度: 289 K / pH: 8.4
詳細: PEG 2000 monomethyl ether, trimethylamine, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K, pH 8.40
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / pH: 9.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
112 mg/mlprotein1drop
220 mMglycine1droppH9.8
3150 mM1dropNaCl
45 mMdithiothreitol1drop
55 %glycerol1drop
6600000 nMAdoHcy1drop
70.1 MTris1reservoirpH8.4-8.6
820-25 %PEG2000 MME1reservoir
90.2 Mtrimethylamine1reservoir
105 mMdithiothreitol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→35 Å / Num. obs: 21803 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 59.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 2.59→2.68 Å / Rmerge(I) obs: 0.228 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Rsym value: 0.228 / % possible all: 67.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2.59 Å / 最低解像度: 35 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 67.6 % / Num. unique obs: 1578 / Mean I/σ(I) obs: 4.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ML9

1ml9


解像度: 2.59→30.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: THE NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY RESTRAINS WERE IMPOSED ON THE TWO COMPLEXES DURING THE REFINEMENT, EXCEPT THE POST-SET REGION RESIDUES 53 TO 100. MOLECULE B IS VERY FLEXIBLE IN THIS REGION ...詳細: THE NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY RESTRAINS WERE IMPOSED ON THE TWO COMPLEXES DURING THE REFINEMENT, EXCEPT THE POST-SET REGION RESIDUES 53 TO 100. MOLECULE B IS VERY FLEXIBLE IN THIS REGION (ONLY THE CA ATOMS ARE GIVEN FOR THE RESIDUES 53 TO 87), WHILE THE CORRESPONDING REGION IN MOLECULE A IS ORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32 943 4.8 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.22 19510 81.6 %-
all-19510 --
原子変位パラメータBiso mean: 58.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.97 Å20 Å20 Å2
2--2.33 Å20 Å2
3----0.36 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.64 Å0.45 Å
Luzzati d res low-30.9 Å
Luzzati sigma a0.86 Å0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→30.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3558 0 60 0 3618
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.59→2.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.064 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 94 4.9 %
Rwork0.3 1825 -
obs--49 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: TOPHCSDX.PRO
精密化
*PLUS
最低解像度: 35 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.77
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.68 Å / Rfactor Rwork: 0.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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