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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ped | ||||||
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タイトル | BACTERIAL SECONDARY ALCOHOL DEHYDROGENASE (APO-FORM) | ||||||
![]() | NADP-DEPENDENT ALCOHOL DEHYDROGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / THERMOSTABLE / ZINC / NADP | ||||||
機能・相同性 | ![]() isopropanol dehydrogenase (NADP+) / isopropanol dehydrogenase (NADP+) activity / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Korkhin, Y. / Frolow, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystalline alcohol dehydrogenases from the mesophilic bacterium Clostridium beijerinckii and the thermophilic bacterium Thermoanaerobium brockii: preparation, characterization and molecular symmetry. 著者: Korkhin, Y. / Frolow, F. / Bogin, O. / Peretz, M. / Kalb, A.J. / Burstein, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 280.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 227 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 380.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 401.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 45.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37762.891 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: APO-ENZYME FORM 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 32 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: SEE REFERENCE 1., pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年9月22日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2748 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 69617 / % possible obs: 79 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.48 % / Biso Wilson estimate: 34.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 28.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.18 Å / 冗長度: 1.53 % / Mean I/σ(I) obs: 4.68 / Rsym value: 0.267 / % possible all: 51.3 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 51.3 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 43.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.2 Å / Total num. of bins used: 15
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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