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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pdo | ||||||
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タイトル | PHOSPHOENOLPYRUVATE-DEPENDENT PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM | ||||||
![]() | MANNOSE PERMEASE | ||||||
![]() | PHOSPHOTRANSFERASE / PHOSPHOENOLPYRUVATE DEPENDENT PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein-Npi-phosphohistidine-D-mannose phosphotransferase / mannose transmembrane transport / protein-N(PI)-phosphohistidine-mannose phosphotransferase system transporter activity / fructose import across plasma membrane / N-acetylglucosamine transport / protein-N(PI)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase activity / D-glucose import across plasma membrane / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transmembrane transporter complex / kinase activity ...protein-Npi-phosphohistidine-D-mannose phosphotransferase / mannose transmembrane transport / protein-N(PI)-phosphohistidine-mannose phosphotransferase system transporter activity / fructose import across plasma membrane / N-acetylglucosamine transport / protein-N(PI)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase activity / D-glucose import across plasma membrane / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transmembrane transporter complex / kinase activity / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nunn, R.S. / Erni, B. / Schirmer, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the IIA domain of the mannose transporter from Escherichia coli at 1.7 angstroms resolution. 著者: Nunn, R.S. / Markovic-Housley, Z. / Genovesio-Taverne, J.C. / Flukiger, K. / Rizkallah, P.J. / Jansonius, J.N. / Schirmer, T. / Erni, B. #1: ![]() タイトル: The Mannose Permease of Escherichia Coli Consists of Three Different Proteins. Amino Acid Sequence and Function in Sugar Transport, Sugar Phosphorylation, and Penetration of Phage Lambda DNA 著者: Erni, B. / Zanolari, B. / Kocher, H.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 38.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 408.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 409.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14624.625 Da / 分子数: 1 断片: IIA ==MAN== DOMAIN, RESIDUES 2 - 133, OF THE IIAB ==MAN== SUBUNIT PLUS PHE-ALA-GLY AT THE CARBOXY TERMINUS 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 解説: SUBCLONAL IIA COMPRISES RESIDUES 1 - 133 OF THE WILD-TYPE IIAB SEQUENCE PLUS PHE-ALA-GLY AT THE CARBOXY TERMINUS. THE INITIAL SE-MET WAS REMOVED BY PROTEOLYTIC CLEAVAGE. プラスミド: PJFL1320 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): MANX / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P69797, protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | DURING CATALYSIS HIS 10 GETS TRANSIENTL |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.8 / 詳細: pH 6.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年9月3日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→19.8 Å / Num. obs: 16839 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 32.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / % possible all: 95.8 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.8 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: MIRAS SOFTWARE USED : CCP4 PROGRAM SUITE 1994 STARTING MODEL FOR MOLECULAR REPLACEMENT: NULL 解像度: 1.7→8 Å / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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