[日本語] English
万見
- PDB-1pdo: PHOSPHOENOLPYRUVATE-DEPENDENT PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pdo
タイトルPHOSPHOENOLPYRUVATE-DEPENDENT PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM
要素MANNOSE PERMEASE
キーワードPHOSPHOTRANSFERASE / PHOSPHOENOLPYRUVATE DEPENDENT PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-Npi-phosphohistidine-D-mannose phosphotransferase / mannose transmembrane transport / protein-N(PI)-phosphohistidine-mannose phosphotransferase system transporter activity / fructose import across plasma membrane / N-acetylglucosamine transport / protein-N(PI)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase activity / D-glucose import across plasma membrane / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transmembrane transporter complex / kinase activity ...protein-Npi-phosphohistidine-D-mannose phosphotransferase / mannose transmembrane transport / protein-N(PI)-phosphohistidine-mannose phosphotransferase system transporter activity / fructose import across plasma membrane / N-acetylglucosamine transport / protein-N(PI)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase activity / D-glucose import across plasma membrane / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transmembrane transporter complex / kinase activity / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, mannose family IIA component / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component, subgroup / : / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component superfamily / PTS system sorbose subfamily IIB component / PTS_EIIB type-4 domain profile. / PTS system mannose/sorbose specific IIA subunit / Phosphotransferase system, mannose-type IIA component / Phosphotransferase system, mannose-type IIA component ...Phosphotransferase system, mannose family IIA component / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component, subgroup / : / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component superfamily / PTS system sorbose subfamily IIB component / PTS_EIIB type-4 domain profile. / PTS system mannose/sorbose specific IIA subunit / Phosphotransferase system, mannose-type IIA component / Phosphotransferase system, mannose-type IIA component / Phosphotransferase system, mannose-type IIA component superfamily / PTS system fructose IIA component / PTS_EIIA type-4 domain profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PTS system mannose-specific EIIAB component
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / MIRAS SOFTWARE USED : CCP4 PROGRAM SUITE 1994 STARTING MODEL FOR MOLECULAR REPLACEMENT: NULL / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Nunn, R.S. / Erni, B. / Schirmer, T.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Structure of the IIA domain of the mannose transporter from Escherichia coli at 1.7 angstroms resolution.
著者: Nunn, R.S. / Markovic-Housley, Z. / Genovesio-Taverne, J.C. / Flukiger, K. / Rizkallah, P.J. / Jansonius, J.N. / Schirmer, T. / Erni, B.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1987
タイトル: The Mannose Permease of Escherichia Coli Consists of Three Different Proteins. Amino Acid Sequence and Function in Sugar Transport, Sugar Phosphorylation, and Penetration of Phage Lambda DNA
著者: Erni, B. / Zanolari, B. / Kocher, H.P.
履歴
登録1996年3月8日処理サイト: BNL
改定 1.01996年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年10月21日Group: Advisory / Data collection / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / reflns_shell
Item: _pdbx_database_status.process_site / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.42024年2月14日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MANNOSE PERMEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6251
ポリマ－14,6251
非ポリマー00
水1,26170
1
A: MANNOSE PERMEASE

A: MANNOSE PERMEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2492
ポリマ－29,2492
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+5/61
Buried area3370 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area10640 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.360, 76.360, 88.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-181-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 MANNOSE PERMEASE / MANNOSE TRANSPORTER / IIAB SUBUNIT


分子量: 14624.625 Da / 分子数: 1
断片: IIA ==MAN== DOMAIN, RESIDUES 2 - 133, OF THE IIAB ==MAN== SUBUNIT PLUS PHE-ALA-GLY AT THE CARBOXY TERMINUS
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12-RP7029
解説: SUBCLONAL IIA COMPRISES RESIDUES 1 - 133 OF THE WILD-TYPE IIAB SEQUENCE PLUS PHE-ALA-GLY AT THE CARBOXY TERMINUS. THE INITIAL SE-MET WAS REMOVED BY PROTEOLYTIC CLEAVAGE.
プラスミド: PJFL1320 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): MANX / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): WA2127 AND D41
参照: UniProt: P69797, protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細DURING CATALYSIS HIS 10 GETS TRANSIENTLY PHOSPHORYLATED.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化pH: 6.8 / 詳細: pH 6.8
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
19.3 mg/mlprotein1dropand 9.8 mg/ml
21.8 Mammonium sulfate1reservoir
310 mM1reservoirCoCl2
40.1 MMES1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年9月3日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→19.8 Å / Num. obs: 16839 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 32.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / % possible all: 95.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.8 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: MIRAS SOFTWARE USED : CCP4 PROGRAM SUITE 1994 STARTING MODEL FOR MOLECULAR REPLACEMENT: NULL
解像度: 1.7→8 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 -10 %
Rwork0.189 --
obs0.189 16645 95.8 %
原子変位パラメータBiso mean: 20.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数988 0 0 70 1058
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it22
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it33
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it33
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it44
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.5

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る