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- PDB-1pdn: CRYSTAL STRUCTURE OF A PAIRED DOMAIN-DNA COMPLEX AT 2.5 ANGSTROMS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pdn
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A PAIRED DOMAIN-DNA COMPLEX AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION REVEALS STRUCTURAL BASIS FOR PAX DEVELOPMENTAL MUTATIONS
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*GP*TP*TP*GP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*G)-3')
  • PROTEIN (PRD PAIRED)
キーワードGENE REGULATION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / PAX / PRD / PAIRED DOMAIN / DNA-BINDING PROTEIN / GENE REGULATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


periodic partitioning by pair rule gene / HATs acetylate histones / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / nervous system development / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Paired domain / Paired DNA-binding domain / PAX family / 'Paired box' domain / Paired DNA-binding domain signature. / Paired DNA-binding domain profile. / Paired Box domain / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain ...Paired domain / Paired DNA-binding domain / PAX family / 'Paired box' domain / Paired DNA-binding domain signature. / Paired DNA-binding domain profile. / Paired Box domain / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Segmentation protein paired
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Xu, W. / Rould, M.A. / Jun, S. / Desplan, C. / Pabo, C.O.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of a paired domain-DNA complex at 2.5 A resolution reveals structural basis for Pax developmental mutations.
著者: Xu, W. / Rould, M.A. / Jun, S. / Desplan, C. / Pabo, C.O.
履歴
登録1995年5月16日登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.01995年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*GP*TP*TP*GP*AP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*G)-3')
C: PROTEIN (PRD PAIRED)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3833
ポリマ－23,3833
非ポリマー00
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.600, 68.600, 100.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*GP*TP*TP*GP*AP*C)-3')


分子量: 4593.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*G)-3')


分子量: 4584.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (PRD PAIRED)


分子量: 14204.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: PRD / プラスミド: PET14BPRDPDB / 遺伝子 (発現宿主): PRD / 発現宿主: BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06601
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2BIS-TRIS-PROPANE11
3PEG 100011
4NH4 ACETATE11
5MGCL211
6EDTA11
7DTT11
8WATER12
9PEG 100012
10DTT12
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度単位一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.49 mMprd paired domain1drop
20.62 mMDNA complex1drop
30.15-0.2 Mammonium acetate1drop
410 mMbis-tris-propane1drop
510 mM1dropMgCl2
60.1 mM1drop
7mMdithiothreitol1drop
85 %PEG10001drop
910 %PEG10001reservoir
105 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE
放射光源波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 40156 / Num. obs: 9285 / 冗長度: 4.68 % / Rmerge(I) obs: 0.075
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 92.5 % / Num. measured all: 40156

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
精密化解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 -10 %
Rwork0.234 --
obs0.234 9285 92.5 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数912 609 0 13 1534
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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