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万見
- PDB-1pd6: The NMR structure of domain C2 of human cardiac Myosin Binding Pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pd6
タイトルThe NMR structure of domain C2 of human cardiac Myosin Binding Protein C
要素Myosin-binding protein C, cardiac-type, Domain C2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Ig domain
機能・相同性
機能・相同性情報


C zone / regulation of muscle filament sliding / striated muscle myosin thick filament / cardiac myofibril / regulation of striated muscle contraction / positive regulation of ATP-dependent activity / Striated Muscle Contraction / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / A band / structural constituent of muscle ...C zone / regulation of muscle filament sliding / striated muscle myosin thick filament / cardiac myofibril / regulation of striated muscle contraction / positive regulation of ATP-dependent activity / Striated Muscle Contraction / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / A band / structural constituent of muscle / sarcomere organization / myosin binding / myosin heavy chain binding / ATPase activator activity / heart morphogenesis / cardiac muscle contraction / titin binding / sarcomere / actin binding / cell adhesion / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. ...: / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin-binding protein C, cardiac-type
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / we have used ARIA protocols
データ登録者Ababou, A. / Gautel, M. / Pfuhl, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Dissecting the N-terminal myosin binding site of human cardiac myosin-binding protein C. Structure and myosin binding of domain C2
著者: Ababou, A. / Gautel, M. / Pfuhl, M.
履歴
登録2003年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin-binding protein C, cardiac-type, Domain C2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7651
ポリマ－11,7651
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)28 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Myosin-binding protein C, cardiac-type, Domain C2 / cardiac myosin-binding protein C / Cardiac MyBP-C / protein C / cardiac


分子量: 11765.365 Da / 分子数: 1 / 断片: Domain C2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: muscle / 遺伝子: MYBPC3 / 器官: heart / プラスミド: pET-8a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21* / 参照: UniProt: Q14896

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
2223D 13C-separated NOESY
3333D 13C-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: Further NMR experiments could be found in the BMRB accession number 5591

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.75mM C2; 15N; 20mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.75mM C2; 15N, 13C; 20mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
30.75mM C2; 15N, 13C; 20mM phosphate buffer; 100% D2O100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.17ambient 298 K
20.17ambient 298 K
377ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002
Varian UnityINOVAVarianUnityINOVA8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ANSIG3.3Kraulis, J.データ解析
ARIA1.1Linge, J., O'Donoghue, S., Nilges, M.構造決定
NMRPipe290302Delaglio, F., Grzesiek, S., Zhu, G., Vuister, G.W., Pfeifer, J., Bax, A.解析
Azara2.6Boucher, W.データ解析
ARIA1.1Linge, J., O'Donoghue, S., Nilges, M.精密化
精密化手法: we have used ARIA protocols / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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