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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pch | ||||||
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タイトル | STRUCTURAL EVIDENCE FOR THE EVOLUTIONARY DIVERGENCE OF MYCOPLASMA FROM GRAM-POSITIVE BACTERIA: THE HISTIDINE-CONTAINING PHOSPHOCARRIER PROTEIN | ||||||
要素 | PHOSPHOCARRIER PROTEIN | ||||||
キーワード | PHOSPHOTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycoplasma capricolum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Pieper, U. / Herzberg, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1995 タイトル: Structural evidence for the evolutionary divergence of mycoplasma from gram-positive bacteria: the histidine-containing phosphocarrier protein. 著者: Pieper, U. / Kapadia, G. / Zhu, P.P. / Peterkofsky, A. / Herzberg, O. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1994 タイトル: Refined Structures of the Active Ser83->Cys and Impaired Ser46->Asp Histidine Containing Phosphocarrier Proteins 著者: Liao, D.-I. / Herzberg, O. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992 タイトル: Structure of the Histidine-Containing Phosphocarrier Protein Hpr from Bacillus Subtilis at 2.0-Angstroms Resolution 著者: Herzberg, O. / Reddy, P. / Sutrina, S. / Saier Junior, M.H. / Reizer, J. / Kapadia, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pch.cif.gz | 28.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pch.ent.gz | 18.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pch.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1pch_validation.pdf.gz | 375.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1pch_full_validation.pdf.gz | 375.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1pch_validation.xml.gz | 3.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1pch_validation.cif.gz | 4.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/1pch ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/1pch | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9296.718 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycoplasma capricolum (バクテリア) 遺伝子: PTSH / プラスミド: PRE1 / 遺伝子 (発現宿主): PTSH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P45611 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | MET 1 WAS PROCESSED DURING THE EXPRESSION |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.75 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 Å |
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検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年5月17日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→15 Å / Num. obs: 6562 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.045 |
反射 | *PLUS Num. all: 7044 / Num. measured all: 18520 / Rmerge(I) obs: 0.045 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→15 Å / σ(F): 0 詳細: TWO ALTERNATE CONFORMATIONS HAVE BEEN REFINED FOR THE SIDE CHAIN OF MET 51 WITH OCCUPANCIES OF 0.6 AND 0.4, RESPECTIVELY.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→15 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 23.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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