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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pbb | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURES OF WILD-TYPE P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE COMPLEXED WITH 4-AMINOBENZOATE, 2,4-DIHYDROXYBENZOATE AND 2-HYDROXY-4-AMINOBENZOATE AND OF THE TRY222ALA MUTANT, COMPLEXED WITH 2-HYDROXY-4-AMINOBENZOATE. EVIDENCE FOR A PROTON CHANNEL AND A NEW BINDING MODE OF THE FLAVIN RING | ||||||
![]() | P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NADPH) activity / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase activity / benzoate catabolic process via hydroxylation / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Schreuder, H.A. / Mattevi, A. / Hol, W.G.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of wild-type p-hydroxybenzoate hydroxylase complexed with 4-aminobenzoate,2,4-dihydroxybenzoate, and 2-hydroxy-4-aminobenzoate and of the Tyr222Ala mutant complexed ...タイトル: Crystal structures of wild-type p-hydroxybenzoate hydroxylase complexed with 4-aminobenzoate,2,4-dihydroxybenzoate, and 2-hydroxy-4-aminobenzoate and of the Tyr222Ala mutant complexed with 2-hydroxy-4-aminobenzoate. Evidence for a proton channel and a new binding mode of the flavin ring 著者: Schreuder, H.A. / Mattevi, A. / Obmolova, G. / Kalk, K.H. / Hol, W.G. / van der Bolt, F.J. / van Berkel, W.J. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of the Reduced Form of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase Refined at 2.3 Angstroms Resolution 著者: Schreuder, H.A. / Van Der Laan, J.M. / Swarte, M.B.A. / Kalk, K.H. / Hol, W.G.J. / Drenth, J. #2: ![]() タイトル: The Influence of Purification and Protein Heterogeneity on the Crystallization of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase 著者: Van Der Laan, J.M. / Swarte, M.B.A. / Groendijk, H. / Hol, W.G.J. / Drenth, J. #3: ![]() タイトル: The Coenzyme Analogue Adenosine 5-Diphosphoribose Displaces Fad in the Active Site of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase. An X-Ray Crystallographic Investigation 著者: Van Der Laan, J.M. / Schreuder, H.A. / Swarte, M.B.A. / Wierenga, R.K. / Kalk, K.H. / Hol, W.G.J. / Drenth, J. #4: ![]() タイトル: Analysis of the Active Site of the Flavoprotein P-Hydroxybenzoate Hydroxylase and Some Ideas with Respect to its Reaction Mechanism 著者: Schreuder, H.A. / Hol, W.G.J. / Drenth, J. #5: ![]() タイトル: Crystal Structure of the P-Hydroxybenzoate Hydroxylase-Substrate Complex Refined at 1.9 Angstroms Resolution. Analysis of the Enzyme-Substrate and Enzyme-Product Complexes 著者: Schreuder, H.A. / Prick, P.A.J. / Wierenga, R.K. / Vriend, G. / Wilson, K.S. / Hol, W.G.J. / Drenth, J. #6: ![]() タイトル: Molecular Modeling Reveals the Possible Importance of a Carbonyl Oxygen Binding Pocket for the Catalytic Mechanism of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase 著者: Schreuder, H.A. / Hol, W.G.J. / Drenth, J. #7: ![]() タイトル: Crystal Structure of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase Complexed with its Reaction Product 3,4-Dihydroxybenzoate 著者: Schreuder, H.A. / Van Der Laan, J.M. / Hol, W.G.J. / Drenth, J. #8: ![]() タイトル: Comparison of the Three-Dimensional Protein and Nucleotide Structure of the Fad-Binding Domain of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase with the Fad-as Well as Nadph-Binding Domains of Glutathione Reductase 著者: Wierenga, R.K. / Drenth, J. / Schulz, G.E. #9: ![]() タイトル: Crystal Structure of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase 著者: Wierenga, R.K. / De Jong, R.J. / Kalk, K.H. / Hol, W.G.J. / Drenth, J. #10: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Investigation of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase from Pseudomonas Fluorescens 著者: Drenth, J. / Hol, W.G.J. / Wierenga, R.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 97.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 717.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 723.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 275 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44364.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#3: 化合物 | ChemComp-DOB / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.58 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: free interface liquid-liquid diffusion | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 15242 / % possible obs: 91.3 % / Rmerge(I) obs: 0.039 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→8 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 14812 / Rfactor all: 0.158 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.53 |