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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pa9 | ||||||
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タイトル | Yersinia Protein-Tyrosine Phosphatase complexed with pNCS (Yop51,Pasteurella X,Ptpase,Yop51delta162) (Catalytic Domain, Residues 163-468) Mutant With Cys 235 Replaced By Arg (C235r) | ||||||
![]() | Protein-tyrosine phosphatase yopH | ||||||
![]() | HYDROLASE / VIRULENCE | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sun, J.P. / Wu, L. / Fedorov, A.A. / Almo, S.C. / Zhang, Z.Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the Yersinia protein-tyrosine phosphatase YopH complexed with a specific small molecule inhibitor 著者: Sun, J.P. / Wu, L. / Fedorov, A.A. / Almo, S.C. / Zhang, Z.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 72.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ytwS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31252.383 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic domain / 変異: C73R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: YOPH OR YOP51 / プラスミド: pt7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CSN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.02 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: PEG1500, imdazole, pNCS, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 140 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2002年3月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 17749 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.314 / % possible all: 91.1 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Rmerge(I) obs: 0.092 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.1 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1YTW 解像度: 2→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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