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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pa0 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF BNSP-7, A LYS49-PHOSPHOLIPASE A2 | ||||||
要素 | Myotoxic phospholipase A2-like | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Lys49-phospholipase A2 / myotoxin / bothropic venom | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / defense response to bacterium / calcium ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bothrops neuwiedi pauloensis (ヘビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Magro, A.J. / Soares, A.M. / Giglio, J.R. / Fontes, M.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2003 タイトル: Crystal structures of BnSP-7 and BnSP-6, two Lys49-phospholipases A(2): quaternary structure and inhibition mechanism insights. 著者: Magro, A.J. / Soares, A.M. / Giglio, J.R. / Fontes, M.R. #1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1999 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of a myotoxic phospholipase A2 homologue from Bothrops neuwiedi pauloensis venom 著者: Fontes, M.R. / Soares, A.M. / Rodrigues, V.M. / Fernandes, A.C. / Da Silva, R.J. / Giglio, J.R. #2: ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2000 タイトル: Structural and Function Characterization of BnSP-7, a Lys49 Myotoxic Phospholipase A2 Homologue from Bothrops neuwiedi Venom 著者: Soares, A.M. / Guerra-Sa, R. / Borja-Oliveira, C.R. / Rodrigues, V.M. / Rodrigues-Simioni, L. / Rodrigues, V. / Fontes, M.R. / Lomonte, B. / Gutirrez, J.M. / Giglio, J.R. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQRES Author states there are a few natural mutations in the sequence found in the GenBank ...SEQRES Author states there are a few natural mutations in the sequence found in the GenBank database. This sequence was obtained by cDNA sequence and the natural mutations are due to protein isoforms found in the B. neuwiedi pauloensis venom. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pa0.cif.gz | 68 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pa0.ent.gz | 50.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pa0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/1pa0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/1pa0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The monomer B is related to monomer A by two fold axis: -x,-y,z |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13752.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Venom glands / 由来: (天然) Bothrops neuwiedi pauloensis (ヘビ) / 生物種: Bothrops neuwiedi / 株: pauloensis / 参照: UniProt: Q9IAT9, ホスホリパーゼA2 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.48 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: PEG 6000, ammonium sulphate, sodium cacodilate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.38 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年2月26日 / 詳細: Mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.38 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 13254 / Num. obs: 13254 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 35.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 11.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.646 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 1525 / % possible all: 95.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: BthTX-I (closed form) 解像度: 2.2→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 38.9 Å2 | ||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å / Luzzati d res low obs: 4 Å / Luzzati sigma a obs: 0.24 Å | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.031
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