[日本語] English
万見
- PDB-1pa0: CRYSTAL STRUCTURE OF BNSP-7, A LYS49-PHOSPHOLIPASE A2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pa0
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BNSP-7, A LYS49-PHOSPHOLIPASE A2
要素Myotoxic phospholipase A2-like
キーワードHYDROLASE / Lys49-phospholipase A2 / myotoxin / bothropic venom
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / toxin activity / defense response to bacterium / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Basic phospholipase A2 homolog BnSP-7
類似検索 - 構成要素
生物種Bothrops neuwiedi pauloensis (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Magro, A.J. / Soares, A.M. / Giglio, J.R. / Fontes, M.R.
引用
ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2003
タイトル: Crystal structures of BnSP-7 and BnSP-6, two Lys49-phospholipases A(2): quaternary structure and inhibition mechanism insights.
著者: Magro, A.J. / Soares, A.M. / Giglio, J.R. / Fontes, M.R.
#1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1999
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of a myotoxic phospholipase A2 homologue from Bothrops neuwiedi pauloensis venom
著者: Fontes, M.R. / Soares, A.M. / Rodrigues, V.M. / Fernandes, A.C. / Da Silva, R.J. / Giglio, J.R.
#2: ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2000
タイトル: Structural and Function Characterization of BnSP-7, a Lys49 Myotoxic Phospholipase A2 Homologue from Bothrops neuwiedi Venom
著者: Soares, A.M. / Guerra-Sa, R. / Borja-Oliveira, C.R. / Rodrigues, V.M. / Rodrigues-Simioni, L. / Rodrigues, V. / Fontes, M.R. / Lomonte, B. / Gutirrez, J.M. / Giglio, J.R.
履歴
登録2003年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQRES Author states there are a few natural mutations in the sequence found in the GenBank ...SEQRES Author states there are a few natural mutations in the sequence found in the GenBank database. This sequence was obtained by cDNA sequence and the natural mutations are due to protein isoforms found in the B. neuwiedi pauloensis venom.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Myotoxic phospholipase A2-like
B: Myotoxic phospholipase A2-like


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5042
ポリマ－27,5042
非ポリマー00
水7,152397
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.330, 57.330, 130.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The monomer B is related to monomer A by two fold axis: -x,-y,z

-
要素

#1: タンパク質 Myotoxic phospholipase A2-like


分子量: 13752.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Venom glands / 由来: (天然) Bothrops neuwiedi pauloensis (ヘビ) / 生物種: Bothrops neuwiedi / 株: pauloensis / 参照: UniProt: Q9IAT9, phospholipase A2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: PEG 6000, ammonium sulphate, sodium cacodilate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.38 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年2月26日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.38 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 13254 / Num. obs: 13254 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 35.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.646 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 1525 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: BthTX-I (closed form)

解像度: 2.2→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 641 -RANDOM
Rwork0.208 ---
obs-12489 94.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.9 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å / Luzzati d res low obs: 4 Å / Luzzati sigma a obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1864 0 0 397 2261
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.66
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.031
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 98 -
Rwork0.254 --
obs-1931 95.8 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る