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- PDB-1p9i: Coiled-coil X-ray structure at 1.17 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p9i
タイトルCoiled-coil X-ray structure at 1.17 A resolution
要素cortexillin I/GCN4 hybrid peptide
キーワードUNKNOWN FUNCTION / coiled-coil
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.17 Å
データ登録者Ivaninskii, S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003
タイトル: Unique stabilizing interactions identified in the two-stranded alpha-helical coiled-coil: crystal structure of a cortexillin I/GCN4 hybrid coiled-coil peptide.
著者: Lee, D.L. / Ivaninskii, S. / Burkhard, P. / Hodges, R.S.
履歴
登録2003年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999This peptide is a hybrid of two proteins: GCN4 and cortexillin I.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cortexillin I/GCN4 hybrid peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4011
ポリマ－3,4011
非ポリマー00
水57632
1
A: cortexillin I/GCN4 hybrid peptide

A: cortexillin I/GCN4 hybrid peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8022
ポリマ－6,8022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)18.098, 117.287, 22.209
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1017-

HOH

21A-1020-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド cortexillin I/GCN4 hybrid peptide


分子量: 3400.935 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.01 %
結晶化
*PLUS
pH: 4.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.1-0.2 Mammonium acetate1reservoir
230 %PEG40001reservoir
30.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6
420 mg/mlprotein1drop

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.17→20.77 Å / Num. all: 8174 / Num. obs: 8174
反射
*PLUS
Num. obs: 8183 / % possible obs: 97.8 % / Num. measured all: 263880 / Rmerge(I) obs: 0.037

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解析

精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.17→20 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.217 -
Rwork0.179 -
obs-8174
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.17→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数225 0 0 32 257
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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