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万見
- PDB-1p94: NMR Structure of ParG symmetric dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p94
タイトルNMR Structure of ParG symmetric dimer
要素plasmid partition protein ParG
キーワードCELL CYCLE / ribbon-helix-helix / dimer / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / core promoter sequence-specific DNA binding / transcription repressor complex / protein-DNA complex / nucleic acid binding / negative regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
DNA partition complex, ParG / ParG / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Plasmid partition protein ParG
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica (サルモネラ菌)
手法溶液NMR / ARIA protocol (Nilges, M. et al., (1997) J. Mol. Biol. 269, 408-422) was used to deal with ambiguous distance restraints, for some NOE assignments.
Model type detailsminimized average
データ登録者Golovanov, A.P. / Barilla, D. / Golovanova, M. / Hayes, F. / Lian, L.Y.
引用
ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2003
タイトル: ParG, a protein required for active partition of bacterial plasmids, has a dimeric ribbon-helix-helix structure.
著者: Golovanov, A.P. / Barilla, D. / Golovanova, M. / Hayes, F. / Lian, L.Y.
#1: ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2000
タイトル: The partition system of multidrug resistance plasmid TP228 includes a novel protein that epitomizes an evolutionarily distinct subgroup of the ParA superfamily
著者: Hayes, F.
履歴
登録2003年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: plasmid partition protein ParG
B: plasmid partition protein ParG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3002
ポリマ－17,3002
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 20structures with the lowest energy,target function
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 plasmid partition protein ParG


分子量: 8649.849 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌)
遺伝子: parG / プラスミド: pET-22-b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KJ82

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1233D 15N-separated NOESY
1322D NOESY
NMR実験の詳細Text: BEST REPRESENTATIVE CONFORMER (MODEL 1) IN THIS ENSEMBLE WAS OBTAINED BY ENERGY MINIMIZATION OF THE AVERAGE STRUCTURE, CALCULATED FOR MODELS 2-11

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM ParG U-15N,13C; 100 mM NaCl, 50 mM phosphate buffer, 1 mM DTT; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM ParG U-15N; 100 mM NaCl, 50 mM phosphate buffer, 1 mM DTT; 100% D2O100% D2O
31 mM ParG U-15N; 100 mM NaCl, 50 mM phosphate buffer, 1 mM DTT; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 150 mM / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002
Varian INOVAVarianINOVA8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio et al.解析
NMRView5.01Johnson and Blevinsデータ解析
ARIA1.1Nilges et al.構造決定
CNS1Brunger et al.構造決定
CNS1Brunger et al.精密化
精密化手法: ARIA protocol (Nilges, M. et al., (1997) J. Mol. Biol. 269, 408-422) was used to deal with ambiguous distance restraints, for some NOE assignments.
ソフトェア番号: 1
詳細: The ParG structure is based on 2230 ambiguous NOE restraints, 82 hydrogen bond restraints, and 144 CSI-based dihedral angle restraints. N-terminal region of ParG (1-32) is unstructured. The C- ...詳細: The ParG structure is based on 2230 ambiguous NOE restraints, 82 hydrogen bond restraints, and 144 CSI-based dihedral angle restraints. N-terminal region of ParG (1-32) is unstructured. The C-terminal region (33-76) is structured.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy,target function
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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