ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1.1 | 精密化 | DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | AMoRE | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法 : 分子置換 開始モデル: 1RLA 解像度: 2.84→28.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING SCHEME OTHER REFINEMENT REMARKS: BULK SOLVENT MODEL USED
| Rfactor![](img/lk-wikipe.gif) | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree![](img/lk-wikipe.gif) | 0.298 | 1080 | 4.9 % | RANDOM |
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Rwork![](img/lk-wikipe.gif) | 0.286 | - | - | - |
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obs | 0.286 | 22156 | 94.2 % | - |
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all | - | 23516 | - | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 16.5063 Å2 / ksol: 0.278067 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 74.4 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -30.01 Å2 | -5.64 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -30.01 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 60.02 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.58 Å | 0.54 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.75 Å | 0.88 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.84→28.97 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 7191 | 0 | 6 | 42 | 7239 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.014 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.7 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d24.4 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.42 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it2.58 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it4.46 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it3.3 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it5.77 | 2.5 | | | | | | | | |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.84→3.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.418 | 165 | 4.8 % |
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Rwork | 0.434 | 3276 | - |
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obs | - | - | 88.6 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMION.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | ION.PARAMWATER.TOP | | | | | |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree : 0.2981 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.015 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg24.4 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg1.4 | | | | | |
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