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- PDB-1p8g: The solution structure of apo CopZ from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p8g
タイトルThe solution structure of apo CopZ from Bacillus subtilis
要素similar to mercuric transport protein
キーワードCHAPERONE / M-X-C-X-X-C motif / beta-alpha-beta-beta-alpha-beta secondary structure / copper chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


copper ion transport / copper ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Copper ion binding protein / : / Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 ...Copper ion binding protein / : / Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Copper chaperone CopZ
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / Simulate annealing, torsion angle dynamics
データ登録者Banci, L. / Bertini, I. / Del Conte, R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Solution Structure of Apo CopZ from Bacillus subtilis: Further Analysis of the Changes Associated with the Presence of Copper
著者: Banci, L. / Bertini, I. / Del Conte, R.
履歴
登録2003年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: similar to mercuric transport protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8031
ポリマ－7,8031
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 30structure with the lowest energy target function
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 similar to mercuric transport protein / BsCopZ


分子量: 7802.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: bscopz / プラスミド: pet21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O32221

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1223D 15N-separated NOESY
2323D 15N-separated NOESY
1423D 15N HSQC TOSCY
15215N-HSQC
26215N-HSQC
172HNHA
182HNHB
NMR実験の詳細Text: The 500 MHz spectrometer is equipped with a cryo probe

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12mM apo-BsCopZ100 mM phosphate buffer pH 7.0, with 1 eq of DTT reductant and 10% D2O. All manipulations were performed under inert atmosphere.
22mM apo-BsCopZ labelled with 15N100 mM phosphate buffer pH 7.0, with 1 eq of DTT reductant and 10% D2O. All manipulations were performed under inert atmosphere.
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
171 atm300 K
271 atm298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5003

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解析

NMR software
名称バージョン分類
DYANA1.5構造決定
XwinNMR3.1collection
XEASY1.3.13データ解析
CORMAデータ解析
Amber5精密化
MOLMOL2.4データ解析
GLOMSAデータ解析
精密化手法: Simulate annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: A total of 1639 upper distance limits (of which 1431 meaningful), 31 dihedral phi angle constraints and 48 psi angle constraints were measured and used in the structural calculations. 5 ...詳細: A total of 1639 upper distance limits (of which 1431 meaningful), 31 dihedral phi angle constraints and 48 psi angle constraints were measured and used in the structural calculations. 5 stereospecific assignments were also obtained from the analysis of HNHB spectra and 11 through the program GLOMSA.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structure with the lowest energy target function
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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