PDB-1p78: Anabaena HU-DNA cocrystal structure (AHU2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1p78

タイトル

Anabaena HU-DNA cocrystal structure (AHU2)

要素

5'-D(*TP*GP*CP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3'
DNA-binding protein HU

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / protein-DNA complex / DNA bending / HU / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

heterocyst development / chromosome condensation / structural constituent of chromatin / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Anabaena sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Swinger, K.S. / Lemberg, K.M. / Zhang, Y. / Rice, P.A.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Flexible DNA bending in HU-DNA cocrystal structures
著者: Swinger, K.S. / Lemberg, K.M. / Zhang, Y. / Rice, P.A.

履歴

登録	2003年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb1p78.ent.gz	51.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1p78_validation.pdf.gz	449.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/1p78 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/1p78	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1p51C 1p71SC 1b8z 1ihf C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
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類似性 (1)

登録構造単位

C: 5'-D(*TP*GP*CP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3'

D: 5'-D(*TP*GP*CP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3'

A: DNA-binding protein HU

B: DNA-binding protein HU

33 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.430, 91.810, 100.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	THR	THR	A	C	7 - 17	7 - 17
2	1	VAL	VAL	THR	THR	B	D	7 - 17	7 - 17
3	2	GLN	GLN	GLU	GLU	A	C	20 - 34	20 - 34
4	2	GLN	GLN	GLU	GLU	B	D	20 - 34	20 - 34

詳細

The assymetric unit contains one functional complex composed of a protein homodimer and duplex DNA.

#1: DNA鎖	5'-D(TPGPCPAPTPAPTPCPAPAPTPTPTPGPTPTPGPCPAPCPC)-3' 分子量: 6388.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成 / 詳細: chemically synthesized DNA
#2: タンパク質	DNA-binding protein HU 分子量: 10089.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anabaena sp. (バクテリア) / 遺伝子: HUP OR HANA OR ASR3935 / プラスミド: pET21A (pETAHU) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RJ1878 lacks functional HU genes / 参照: UniProt: P05514
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.08 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Peg 5000 monomethyl ether, glycerol, tris, jeffamine, potassium chloride, calcium chloride, sodium azide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	Peg 5000	1	1
2	monomethyl ether	1	1
3	glycerol	1	1
4	tris	1	1
5	jeffamine	1	1
6	potassium chloride	1	1
7	calcium chloride	1	1
8	sodium azide	1	1
9	H2O	1	1
10	Peg 5000	1	2
11	glycerol	1	2
12	potassium chloride	1	2
13	calcium chloride	1	2
14	sodium azide	1	2
15	H2O	1	2

結晶化

*PLUS

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	50 mM		1	reservoir	KCl
2	10 %	glycerol	1	reservoir
3	50 mM	Tris	1	reservoir		pH7.5 or pH8.0
4	0.02 %		1	reservoir	NaN3
5	1 %	Jaffamine	1	reservoir		pH7.0
6	12-22.5 %	PEG5000 MME	1	reservoir
7	20 mM		1	reservoir	CaCl2
8			1
9			1
10			1
11			1
12			1
13			1
14			1
15			1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0078 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月14日
放射	モノクロメーター: Si 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0078 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 16454 / Num. obs: 16454 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.05
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.376 / % possible all: 54.9
反射	PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度*: 25 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1P71

1p71

解像度: 2.25→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 10.913 / SU ML: 0.244 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: restrained invidual isotropic (after TLS refinement)
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.398 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: Refmac 5.1.24 library

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27589	677	4.6 %	RANDOM
R_work	0.23908	-	-	-
obs	0.24089	13935	85.16 %	-
all	-	17158	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.498 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.99 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1384	812	0	94	2290

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	2301
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.625	2.415	3269
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.748	5	182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	337
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	950
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.253	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.024	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.421	1.5	915
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.787	2	1467
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.688	3	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.55	4.5	1802
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 183 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
medium positional	0.14	0.5
medium thermal	0.38	2

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.371 Å / Total num. of bins used: 10 /

	R_factor	反射数
R_free	0.411	47
R_work	0.336	1235

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4402	0.1257	0.0837	3.2119	0.204	4.3348	-0.1221	-1.121	-0.1711	0.5365	0.0179	-0.0808	0.1669	0.1138	0.1042	0.1868	0.0803	0.0128	0.5175	0.08	0.2113	19.214	15.2371	88.7704
2	2.3716	-2.0081	-0.665	7.1912	-3.777	6.6672	0.1143	-0.0642	0.089	-0.3651	-0.2105	-0.1928	-0.1782	0.3405	0.0963	0.0604	-0.0311	-0.0647	0.1519	-0.013	0.1151	32.048	28.3045	64.8618
3	2.5142	-2.5451	-0.6479	4.2805	3.9834	10.8624	-0.1048	-0.0151	-0.0653	-0.2007	0.1531	0.0621	-0.0778	-0.0547	-0.0483	0.1032	-0.0119	0.0138	0.1447	0.0315	0.102	6.6169	13.3915	62.2819
4	4.5763	-1.4454	-2.6599	8.7232	0.2857	8.6714	-0.0145	-0.3976	0.5962	0.8406	-0.0062	0.4825	0.2479	-0.8986	0.0206	0.281	-0.036	0.0419	0.2367	-0.1801	0.2414	22.03	41.0978	70.8414
5	4.3519	1.9439	0.5927	5.6616	-0.3558	-0.9205	-0.098	-0.1792	-0.3681	-0.1545	-0.2495	-0.8097	0.1948	-0.0655	0.3475	0.2579	-0.045	0.0009	0.0711	-0.0525	0.1312	20.6171	21.2507	60.8879
6	7.2716	-4.0158	6.9926	9.7416	-3.963	20.7696	0.266	-0.4629	-1.1317	-0.1767	-0.1019	-0.0239	1.4658	0.9843	-0.164	0.6124	-0.0246	-0.0126	0.2616	0.1875	0.3302	14.5611	-1.3294	64.0045

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 52
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1 - 52
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	77 - 92
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	77 - 92
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	53 - 76
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	53 - 76
7	X-RAY DIFFRACTION	4	C	1 - 5
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	16 - 20
9	X-RAY DIFFRACTION	5	C	6 - 15
10	X-RAY DIFFRACTION	5	D	5 - 15
11	X-RAY DIFFRACTION	6	C	16 - 20
12	X-RAY DIFFRACTION	6	D	1 - 4

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 25 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.276 / R_factor R_work: 0.239

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.013
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.625

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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