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万見
- PDB-1p6r: Solution structure of the DNA binding domain of the repressor BlaI. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p6r
タイトルSolution structure of the DNA binding domain of the repressor BlaI.
要素Penicillinase repressor
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription regulation / Repressor / DNA-binding / Winged Helix Protein / Bacterial resistance to antibiotics
機能・相同性
機能・相同性情報


response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BlaI transcriptional regulatory family / Penicillinase repressor / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Penicillinase repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者Melckebeke, H.V. / Vreuls, C. / Gans, P. / Llabres, G. / Filee, P. / Joris, B. / Simorre, J.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Solution structural study of BlaI: implications for the repression of genes involved in beta-lactam antibiotic resistance.
著者: Melckebeke, H.V. / Vreuls, C. / Gans, P. / Llabres, G. / Joris, B. / Simorre, J.P.
履歴
登録2003年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillinase repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5121
ポリマ－9,5121
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)19 / 80structures with the lowest energy
代表モデルモデル #19lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Penicillinase repressor / Regulatory protein blaI / Beta-lactamase repressor protein


分子量: 9512.079 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (residues 1-82) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア)
遺伝子: BLAI OR PENI / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLys / 参照: UniProt: P06555

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
2223D 13C-separated NOESY
1313D 15N-separated NOESY
2423D-13C-separated NOESY optimized for CH groups
2524D 13C-separated-HSQC-NOESY-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1U-15N 0.75 mM, phosphate buffer 75 mM pH 7.6, 300 mM KCl 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
2U-15N-13C 0.50 mM, phosphate buffer 75 mM pH 7.6, 300 mM KCl 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1300 mM KCl, 75 mM phosphate sodium 7.6ambient 298 K
2300 mM KCl, 75 mM phosphate sodium 7.6ambient 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix2000Accelrys解析
Discover2000Accelrys構造決定
Amber1991Pearlman精密化
TALOS1999Cornilescuデータ解析
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: For structure calculation, a total of 1252 interproton and 110 dihedral restraints were used. The distance constraints contain 596 intraresidue, 205 sequential, 87 medium-range, 145 long- ...詳細: For structure calculation, a total of 1252 interproton and 110 dihedral restraints were used. The distance constraints contain 596 intraresidue, 205 sequential, 87 medium-range, 145 long-range, and 219 ambiguous correlations.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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