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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p6b | ||||||
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タイトル | X-ray structure of phosphotriesterase, triple mutant H254G/H257W/L303T | ||||||
![]() | Parathion hydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / metalloenzyme / tim barrel / nerve agents | ||||||
機能・相同性 | ![]() aryldialkylphosphatase activity / aryldialkylphosphatase / catabolic process / zinc ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hill, C.M. / Li, W. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. / Raushel, F.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Enhanced degradation of chemical warfare agents through molecular engineering of the phosphotriesterase active site. 著者: Hill, C.M. / Li, W.S. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. / Raushel, F.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 149.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 115.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 475.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 493.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 44.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36330.312 Da / 分子数: 2 / 変異: H254G, H257W, L303T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EFS / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.47 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: バッチ法 / pH: 9 詳細: PEG8000, CHES, sodium chloride, diethyl 4-methylbenzylphosphonate, pH 9, batch, temperature 277K |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2001年7月10日 / 詳細: supper long mirrors |
放射 | モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 60251 / Num. obs: 60251 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.99 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 6503 / Rsym value: 0.293 / % possible all: 77.5 |
反射 | *PLUS |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1DPM 解像度: 1.9→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. reflection obs: 60251 / σ(F): 0 / Num. reflection Rfree: 6086 / Rfactor obs: 0.179 / Rfactor Rfree: 0.231 / Rfactor Rwork: 0.176 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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