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- PDB-1p60: Structure of human dCK complexed with 2'-Deoxycytidine and ADP, S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p60
タイトルStructure of human dCK complexed with 2'-Deoxycytidine and ADP, Space group C 2 2 21
要素Deoxycytidine kinase
キーワードTRANSFERASE / nucleoside kinase / P-loop / deoxycytidine
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity ...deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / Purine salvage / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Deoxynucleoside kinase / : / Deoxynucleoside kinase domain / Deoxynucleoside kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 2'-DEOXYCYTIDINE / Deoxycytidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Sabini, E. / Ort, S. / Monnerjahn, C. / Konrad, M. / Lavie, A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structure of human dCK suggests strategies to improve anticancer and antiviral therapy
著者: Sabini, E. / Ort, S. / Monnerjahn, C. / Konrad, M. / Lavie, A.
履歴
登録2003年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxycytidine kinase
B: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9786
ポリマ－61,6702
非ポリマー1,3094
水5,999333
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20250 Å2
手法PISA
2
A: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子

A: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子

B: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子

B: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,95712
ポリマ－123,3394
非ポリマー2,6188
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation5_545x+1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation8_566x+1/2,-y+3/2,-z+11
Buried area10160 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area40390 Å2
手法PISA
3
A: Deoxycytidine kinase
B: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子

A: Deoxycytidine kinase
B: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,95712
ポリマ－123,3394
非ポリマー2,6188
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area11820 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area38720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.714, 132.808, 157.565
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Deoxycytidine kinase / dCK


分子量: 30834.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCK / プラスミド: pET14b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27707, deoxycytidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-DCZ / 2'-DEOXYCYTIDINE / デオキシシチジン


タイプ: DNA OH 5 prime terminus / 分子量: 227.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N3O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.95-1.0M citrate trisodium dihydrate, 100mM Hepes, 5mM deoxycytidine, 5mM ADP, 5mM MgCl2,5mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
112 mg/mlenzyme1drop
25 mM1dropMgCl2
320 mMHEPES1droppH7.5
45 mMdithiothreitol1drop
5100000 nMdeoxycytidine1drop
60.95-1.0 Mtrisodium citrate dihydrate1reservoir
7100 mMHEPES1reservoirpH7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→30 Å / Num. obs: 39365 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 1.96→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.291
反射
*PLUS
Num. obs: 39237 / % possible obs: 97.4 % / Num. measured all: 270973 / Rmerge(I) obs: 0.045
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2 Å / % possible obs: 67.8 % / Rmerge(I) obs: 0.291

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.96→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 3.09 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2035 3936 10 %RANDOM
Rwork0.16066 ---
obs0.16491 35428 98.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.099 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2--0.43 Å20 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3819 0 86 333 4238
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0214005
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023511
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9221.9665444
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.25438180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.225464
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2590
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024389
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02831
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.2795
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2450.23999
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.22240
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1910.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.30.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2940.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4010.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1581.52330
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.10423753
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.89331675
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5224.51691
LS精密化 シェル解像度: 1.965→2.016 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.259 245
Rwork0.196 2361
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.203 / Rfactor Rwork: 0.161
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.922

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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