PDB-1p5h: Crystal structure of Formyl-CoA Transferase (apoenzyme) from Oxal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1p5h

タイトル

Crystal structure of Formyl-CoA Transferase (apoenzyme) from Oxalobacter formigenes

要素

Formyl-coenzyme A transferase

キーワード

TRANSFERASE / CoA-transferase / oxalate / oxalate degradation / intertwined / knotted fold / CAIB-BAIF family

機能・相同性

機能・相同性情報

formyl-CoA transferase / formyl-CoA transferase activity / oxalate catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Oxalobacter formigenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Ricagno, S. / Jonsson, S. / Richards, N. / Lindqvist, Y.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Formyl-CoA Transferase encloses the CoA binding site at the interface of an interlocked dimer
著者: Ricagno, S. / Jonsson, S. / Richards, N. / Lindqvist, Y.

履歴

登録	2003年4月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1p5h.cif.gz	182 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1p5h.ent.gz	146.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1p5h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1p5h_validation.pdf.gz	431.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1p5h_full_validation.pdf.gz	445.3 KB	表示
XML形式データ	1p5h_validation.xml.gz	37 KB	表示
CIF形式データ	1p5h_validation.cif.gz	54.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/1p5h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/1p5h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1p5rC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vjo-d 1vgr-d 2vjq-2 4p4f-d 4aee-1 1pt8-d 1xa4-d 3bxm-d 2xij-d 2or4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Formyl-coenzyme A transferase

B: Formyl-coenzyme A transferase

94.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.440, 151.440, 99.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	Formyl-coenzyme A transferase / Formyl-CoA transferase 分子量: 47380.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Oxalobacter formigenes (バクテリア) 遺伝子: FRC / プラスミド: pET9a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: O06644, 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; CoA転移酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Formyl-coenzyme A transferase / Formyl-CoA transferase

分子量: 47380.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Oxalobacter formigenes (バクテリア)
遺伝子: FRC / プラスミド: pET9a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: O06644, 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; CoA転移酵素

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.11 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, Magnesium cloride, Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ricagno, S., (2003) Acta Crystallogr., D59, 1276.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	7.5 mg/ml	protein	1	drop
2	26 %	PEG4000	1	reservoir
3	100 mM	HEPES	1	reservoir	pH7.5
4	0.5 M		1	reservoir		MgCl2

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	110	1
2	110	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	ID14-1	1	0.933
シンクロトロン	EMBL/DESY, HAMBURG	BW7A	2	0.979

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 4	1	CCD	2001年12月9日
MAR CCD 165 mm	2	CCD	2002年6月8日	Premirror, double crystal focussing monochromator, bent mirror

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Diamond (111), Ge (220)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Double crystal focussing monochromator	SAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.933	1
2	0.979	1

反射

解像度: 2.2→25 Å / Num. all: 53823 / Num. obs: 53823 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / R_sym value: 0.098 / Net I/σ(I): 15.3

反射シェル

解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / R_sym value: 0.236 / % possible all: 99

反射

*PLUS

Num. obs: 57045 / % possible obs: 99 % / R_merge(I) obs: 0.098

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 99 % / R_merge(I) obs: 0.236

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.19	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→24.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 4.364 / SU ML: 0.113 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20902	2870	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17108	-	-	-
obs	0.17295	53823	100 %	-
all	-	53823	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.915 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→24.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6624	0	0	530	7154

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	6767
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6063
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.297	1.95	9150
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.829	3	14170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.093	5	850
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	980
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7594
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	1412
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.232	0.2	7032
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	3840
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	423
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.083	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.165	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.18	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.719	1.5	4223
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.349	2	6772
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.822	3	2544
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3	4.5	2378

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.224	193
R_work	0.177	3749

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8176	-0.026	-0.3103	0.4666	-0.1397	0.6963	-0.0413	-0.0307	-0.037	0.1225	0.0323	0.0826	-0.0389	-0.1117	0.009	0.0548	0.0424	0.0222	0.0665	0.0031	0.0423	-36.512	21.94	8.439
2	0.5235	-0.1102	-0.0354	0.6932	0.3338	1.0154	0.0093	-0.0182	-0.002	-0.0014	0.0272	0.0942	-0.0549	-0.1204	-0.0365	0.0333	0.0283	0.0128	0.03	0.0249	0.0378	-34.41	17.672	0.645

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 428	2 - 428
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 428	2 - 428

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 25 Å / R_factor R_free: 0.209 / R_factor R_work: 0.171

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.219 / R_factor R_work: 0.19

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)