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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p5b | ||||||
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タイトル | High Resolution Structure of Reduced Active Mutant of (S)-Mandelate Dehydrogenase | ||||||
要素 | L(+)-Mandelate Dehydrogenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / TIM BARREL / Hydroxy acid oxidizing enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 (S)-mandelate dehydrogenase / (S)-mandelate dehydrogenase activity / oxidative photosynthetic carbon pathway / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / mandelate catabolic process / : / fatty acid alpha-oxidation / response to other organism / L-lactate dehydrogenase activity ...(S)-mandelate dehydrogenase / (S)-mandelate dehydrogenase activity / oxidative photosynthetic carbon pathway / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / mandelate catabolic process / : / fatty acid alpha-oxidation / response to other organism / L-lactate dehydrogenase activity / peroxisome / FMN binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas putida (バクテリア) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å | ||||||
データ登録者 | Sukumar, N. / Mitra, B. / Mathews, F.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: High resolution structures of an oxidized and reduced flavoprotein. The water switch in a soluble form of (S)-mandelate dehydrogenase 著者: Sukumar, N. / Dewanti, A.R. / Mitra, B. / Mathews, F.S. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Structure of an active soluble mutant of the membrane-associated (S)-mandelate dehydrogenase 著者: Sukumar, N. / Xu, Y. / Gatti, D.L. / Mitra, B. / Mathews, F.S. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE Chimeric mutant of (s)-mandelate dehydrogenase with residues 177-196 replaced by residues ...SEQUENCE Chimeric mutant of (s)-mandelate dehydrogenase with residues 177-196 replaced by residues 176- 195 of glycolate oxidase. The authors believe that SwissProt entry P20932 incorrectly lists residue 15 as ARG instead of ALA. Sequencing of (s)-mandelate dehydrogenase, as well as of the original clone pSCR4, has been done a number of times including site-specific mutants and has repeatedly confirmed that it is ALA 15 rather than ARG 15. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1p5b.cif.gz | 95.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1p5b.ent.gz | 69.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1p5b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1p5b_validation.pdf.gz | 799.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1p5b_full_validation.pdf.gz | 809.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1p5b_validation.xml.gz | 20 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1p5b_validation.cif.gz | 30.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/1p5b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/1p5b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42132.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: 20 RESIDUE SUBSTITUTION FROM GLYCOLATE OXIDASE AT RESIDUE 177 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア), (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20932, UniProt: P05414 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#4: 化合物 | ChemComp-MES / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.33 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: ammonium sulfate, ethylene glycol, FMN, Sodium Chloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sukumar, N., (2001) Biochemistry, 40, 9870. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97625 Å |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→500 Å / Num. obs: 91731 / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.282 / % possible all: 99.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1P4C 解像度: 1.35→37.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 247665.37 / Data cutoff high rms absF: 247665.37 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.9791 Å2 / ksol: 0.3481 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→37.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.35→1.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 500 Å / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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