PDB-1p51: Anabaena HU-DNA cocrystal structure (AHU6)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1p51

タイトル

Anabaena HU-DNA cocrystal structure (AHU6)

要素

5'-D(*GP*CP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*T)-3'
DNA-binding protein HU

キーワード

DNA Binding Protein/DNA / protein-DNA complex / DNA bending / HU / DNA Binding Protein-DNA COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

heterocyst development / chromosome condensation / structural constituent of chromatin / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Anabaena sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Swinger, K.K. / Lemberg, K.M. / Zhang, Y. / Rice, P.A.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Flexible DNA bending in HU-DNA cocrystal structures
著者: Swinger, K.K. / Lemberg, K.M. / Zhang, Y. / Rice, P.A.

履歴

登録	2003年4月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	1p51_full_validation.pdf.gz	475.4 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/1p51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/1p51	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1p71SC 1p78C 1b8z 1ihf S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1p78-d 1p71-d 6d21-d 5wwz-d 2qko-2 3ech-d 3wrk-1 6fp6-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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類似性 (1)

登録構造単位

E: 5'-D(*GP*CP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*T)-3'

F: 5'-D(*GP*CP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*T)-3'

I: 5'-D(*GP*CP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*T)-3'

H: 5'-D(*GP*CP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*T)-3'

A: DNA-binding protein HU

B: DNA-binding protein HU

C: DNA-binding protein HU

D: DNA-binding protein HU

63.6 kDa, 8 ポリマー
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1

E: 5'-D(*GP*CP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*T)-3'

F: 5'-D(*GP*CP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*T)-3'

A: DNA-binding protein HU

B: DNA-binding protein HU

登録者が定義した集合体
31.8 kDa, 4 ポリマー
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2

I: 5'-D(*GP*CP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*T)-3'

H: 5'-D(*GP*CP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*T)-3'

C: DNA-binding protein HU

D: DNA-binding protein HU

登録者が定義した集合体
31.8 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	37.646, 107.836, 83.464
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.25, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The functional complex is a protein homodimer bound to a DNA duplex. The assymetric unit contains two copies of the functional complex.

#1: DNA鎖	5'-D(GPCPAPTPAPTPCPAPAPTPTPTPGPTPTPGPCPAPT)-3' 分子量: 5809.782 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ*: 合成詳細: chemically synthesized DNA with a 5' phosphate modification
#2: タンパク質	DNA-binding protein HU 分子量: 10089.584 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anabaena sp. (バクテリア) / 遺伝子: HUP OR HANA OR ASR3935 / プラスミド: pET21a (pETAHU) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RJ1878 lacks functional HU genes / 参照: UniProt: P05514
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.94 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Peg 5000 monomethyl ether, glycerol, tris, jeffamine, potassium chloride, calcium chloride, sodium azide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	Peg 5000	1	1
2	monomethyl ether	1	1
3	glycerol	1	1
4	tris	1	1
5	jeffamine	1	1
6	potassium chloride	1	1
7	calcium chloride	1	1
8	sodium azide	1	1
9	H2O	1	1
10	Peg 5000	1	2
11	glycerol	1	2
12	potassium chloride	1	2
13	calcium chloride	1	2
14	sodium azide	1	2
15	H2O	1	2

結晶化

*PLUS

pH: 7.5

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	50 mM		1	reservoir	KCl
2	10 %	glycerol	1	reservoir
3	50 mM	Tris	1	reservoir		pH7.5 or pH8.0
4	0.02 %		1	reservoir	NaN3
5	1 %	Jaffamine	1	reservoir		pH7.0
6	12-22.5 %	PEG5000 MME	1	reservoir
7	10 mM		1	reservoir	CaCl2
8			1
9			1
10			1
11			1
12			1
13			1
14			1
15			1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月29日
放射	モノクロメーター: Ge 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.48→99 Å / Num. all: 23324 / Num. obs: 23324 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.107
反射シェル	解像度: 2.48→2.57 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.359 / % possible all: 46.5
反射	PLUS 最低解像度: 99 Å / R_merge(I) obs*: 0.11

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
EPMR		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1P71 with nonidentical sidechains pruned back to a common atom

1p71

解像度: 2.5→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.821 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.751 / SU B: 18.487 / SU ML: 0.417 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: restrained individual isotropic (after TLS refinement)
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.477
詳細: Data is anisotropic with limits 2.5 x 2.5 x 2.8. Data were truncated to an ellipsoid and reflections with an average (I/sigI) ratio less than 2 were removed. The completeness above is ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.338	1828	9.8 %	RANDOM
R_work	0.286	-	-	-
obs	0.291	16900	81.39 %	-
all	-	23042	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.115 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.44 Å²	0 Å²	0.09 Å²
2-	-	-0.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2767	1556	0	72	4395

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	4535
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.927	2.404	6435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.511	5	364
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.046	0.2	664
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	2832
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.175	0.2	1770
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	186
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.157	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.136	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.431	1.5	1831
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.81	2	2939
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.894	3	2704
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.668	4.5	3496

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.635 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.39	72
R_work	0.31	140

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3324	-0.1824	-0.6087	1.9985	-0.7982	1.1348	-0.0561	-0.1089	-0.136	-0.1734	-0.0574	0.0377	0.1103	0.0258	0.1135	0.2892	0.001	0.0253	0.2728	-0.0004	0.3185	7.8298	5.382	17.2572
2	4.824	-0.703	0.5186	1.733	0.059	0.7836	0.0714	-0.107	0.7545	-0.0201	-0.0559	-0.2528	-0.0024	-0.052	-0.0155	0.2417	-0.0113	-0.0045	0.2628	-0.0355	0.4342	7.7777	27.0397	59.9312
3	0.8123	-3.1444	-3.1692	2.0218	0.6734	-3.7609	0.0759	-0.0218	0.2115	0.4048	0.19	-0.3798	0.5375	0.2416	-0.2659	0.4645	-0.0386	-0.0658	0.2807	0.0183	0.3498	21.2179	30.5111	28.5245
4	4.3538	1.3031	-2.052	-0.0045	0.962	3.8106	0.003	0.181	-0.06	-0.3051	0.0258	0.0592	-0.1621	-0.289	-0.0288	0.3408	-0.0075	-0.0218	0.3342	-0.0361	0.2477	-5.4766	32.1591	11.227
5	5.7687	-0.1685	2.9875	-3.5416	-2.0305	0.4349	0.0157	0.2033	0.3075	-0.1793	-0.0125	0.408	0.1706	0.7276	-0.0032	0.4473	0.0507	-0.0007	0.2415	0.0519	0.2749	20.7561	0.7458	52.0494
6	2.4041	1.8847	4.1565	4.7171	-0.8202	4.984	0.2123	-0.0649	0.2357	-0.0776	0.055	0.1214	0.4746	0.1753	-0.2673	0.3211	0.0399	0.0323	0.2886	-0.0036	0.3101	-5.761	2.0301	69.3889
7	1.382	0.4081	-3.539	-0.7263	0.8352	8.7836	0.6462	-0.7433	0.3504	-0.0064	-0.5371	0.1724	-0.1249	0.408	-0.1091	0.4957	-0.0195	-0.0379	0.1403	0.2246	0.4133	12.4969	24.8779	38.4396
8	0.3373	1.3161	1.6508	-2.1982	-0.54	2.4037	0.1449	0.0625	-0.1077	0.0923	-0.0614	-0.1468	-0.0744	-0.0801	-0.0835	0.4024	0.0566	-0.0494	0.3776	-0.012	0.2937	7.7542	33.0003	20.1204
9	-4.1065	-10.9281	-4.1435	10.7907	3.6279	4.8841	0.5468	0.7105	-0.3362	-0.1443	-0.2493	-0.6014	-0.1406	-0.2549	-0.2975	0.4112	0.039	-0.0349	0.5318	-0.0199	0.2695	2.5288	29.0493	-0.6332
10	11.3236	-10.8578	6.254	8.938	-6.016	-0.7317	0.1819	0.7231	-0.1545	-0.1361	-0.1297	0.6	0.282	0.4575	-0.0521	0.3858	-0.0073	0.054	0.4154	-0.057	0.1937	12.0689	4.657	40.6155
11	-0.2713	-0.1199	-1.0482	-2.1532	-0.2888	3.0841	0.2961	-0.045	0.0785	0.1146	0.0203	0.0326	-0.1105	-0.0222	-0.3164	0.3993	0.013	0.0543	0.3448	0.0009	0.3118	7.8106	-0.3182	61.0571
12	4.9999	5.6818	3.4039	9.7298	11.5854	-4.823	-0.4904	0.5455	-0.0204	-0.1451	0.3518	-0.0662	0.326	-0.2265	0.1385	0.3759	-0.0501	0.0693	0.4754	0.1557	0.3449	1.1297	8.7167	79.4664

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	E	1 - 53	1 - 53
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	F	1 - 53	1 - 53
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	E	76 - 92	76 - 92
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	F	76 - 92	76 - 92
5	X-RAY DIFFRACTION	2	C	G	1 - 53	1 - 53
6	X-RAY DIFFRACTION	2	D	H	1 - 53	1 - 53
7	X-RAY DIFFRACTION	2	C	G	76 - 92	76 - 92
8	X-RAY DIFFRACTION	2	D	H	76 - 92	76 - 92
9	X-RAY DIFFRACTION	3	A	E	54 - 75	54 - 75
10	X-RAY DIFFRACTION	4	B	F	54 - 75	54 - 75
11	X-RAY DIFFRACTION	5	C	G	54 - 75	54 - 75
12	X-RAY DIFFRACTION	6	D	H	54 - 75	54 - 75
13	X-RAY DIFFRACTION	7	E	A	2 - 5	1 - 4
14	X-RAY DIFFRACTION	7	F	B	16 - 18	15 - 17
15	X-RAY DIFFRACTION	8	E	A	6 - 15	5 - 14
16	X-RAY DIFFRACTION	8	F	B	6 - 15	5 - 14
17	X-RAY DIFFRACTION	9	E	A	16 - 18	15 - 17
18	X-RAY DIFFRACTION	9	F	B	2 - 5	1 - 4
19	X-RAY DIFFRACTION	10	I	C	2 - 5	1 - 4
20	X-RAY DIFFRACTION	10	H	D	16 - 18	15 - 17
21	X-RAY DIFFRACTION	11	I	C	6 - 15	5 - 14
22	X-RAY DIFFRACTION	11	H	D	6 - 15	5 - 14
23	X-RAY DIFFRACTION	12	I	C	16 - 18	15 - 17
24	X-RAY DIFFRACTION	12	H	D	2 - 5	1 - 4

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 25 Å / % reflection R_free: 10 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d	0.927

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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